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- PDB-7vru: Crystal structure of PacII_M1M2S-DNA-SAH complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vru
タイトルCrystal structure of PacII_M1M2S-DNA-SAH complex
要素
  • (DNA (25-mer)) x 2
  • (Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- ...) x 2
  • Site-specific DNA recognition subunit
キーワードTRANSFERASE/DNA / Type I R-M system PacII methytransferase m4C and m6A modification complex / BIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA methylase specificity domains / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / HsdM N-terminal domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily ...DNA methylase specificity domains / Adenine-n6-DNA-methyltransferase TaqI; Chain A, domain 2 / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / HsdM N-terminal domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas alcaligenes (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhu, J. / Gao, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31922037 中国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular insights into DNA recognition and methylation by non-canonical type I restriction-modification systems.
著者: Zhu, J. / Gao, Y. / Wang, Y. / Zhan, Q. / Feng, H. / Luo, X. / Li, P. / Liu, S. / Hou, H. / Gao, P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Structural basis underlying complex assembly and conformational transition of the type I R-M system
著者: Yanping, L. / Xiaoxue, Y.
履歴
登録2021年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
C: Site-specific DNA recognition subunit
H: DNA (25-mer)
I: DNA (25-mer)
A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,3307
ポリマ－173,5615
非ポリマー7692
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, the complex generate a peak at 12 mL in superdex G200 16/60 column (GE Healthcare)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19540 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area58860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.800, 122.655, 131.361
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)


分子量: 58123.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas alcaligenes (バクテリア)
遺伝子: A0T30_13470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142ISP2
#5: タンパク質 Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)


分子量: 56900.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas alcaligenes (バクテリア)
遺伝子: A0T30_13480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A142ISP4, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#2: タンパク質 Site-specific DNA recognition subunit


分子量: 43180.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas alcaligenes (バクテリア)
遺伝子: pacIIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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DNA鎖 , 2種, 2分子 HI

#3: DNA鎖 DNA (25-mer) / ssDNA_F


分子量: 7620.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (25-mer) / ssDNA_R


分子量: 7735.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 285分子

#6: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 % / 解説: biconical
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Imidazole (pH 6.7-7.2), 37%-40% PEG 400 / PH範囲: 6.7-7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41.24 Å / Num. obs: 69399 / % possible obs: 99.29 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 51.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03114 / Rpim(I) all: 0.03114 / Rrim(I) all: 0.04404 / Net I/σ(I): 17.54
反射 シェル解像度: 2.402→2.488 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2469 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique obs: 6698 / CC1/2: 0.856 / CC star: 0.96 / Rpim(I) all: 0.2469 / Rrim(I) all: 0.3492 / % possible all: 97.19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158位相決定
Coot0.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→41.24 Å / SU ML: 0.2987 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.7761
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 3504 5.07 %
Rwork0.1899 65591 -
obs0.1922 69095 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→41.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10792 1025 52 283 12152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008412234
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.993316761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541838
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00851989
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.64881987
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.430.32011290.25322426X-RAY DIFFRACTION92.47
2.43-2.470.30791270.24622602X-RAY DIFFRACTION99.67
2.47-2.510.28851340.24282624X-RAY DIFFRACTION99.35
2.51-2.550.3221350.24232582X-RAY DIFFRACTION99.45
2.55-2.590.27891510.23872594X-RAY DIFFRACTION99.28
2.59-2.630.33651310.2362621X-RAY DIFFRACTION99.28
2.63-2.680.28261430.23212615X-RAY DIFFRACTION99.82
2.68-2.730.30611320.22382612X-RAY DIFFRACTION99.71
2.73-2.790.2861500.22552595X-RAY DIFFRACTION99.49
2.79-2.850.26281290.22852639X-RAY DIFFRACTION99.57
2.85-2.910.29971340.23732614X-RAY DIFFRACTION99.71
2.91-2.990.31481560.24462636X-RAY DIFFRACTION99.75
2.99-3.070.30021350.23922594X-RAY DIFFRACTION99.67
3.07-3.160.29721460.22942635X-RAY DIFFRACTION99.57
3.16-3.260.28911380.21852615X-RAY DIFFRACTION99.85
3.26-3.380.26511450.21722640X-RAY DIFFRACTION99.86
3.38-3.510.29011380.21522665X-RAY DIFFRACTION99.79
3.51-3.670.21211290.19432647X-RAY DIFFRACTION99.78
3.67-3.860.23911460.17972639X-RAY DIFFRACTION99.86
3.86-4.110.20811370.16932667X-RAY DIFFRACTION99.82
4.11-4.420.21721320.15522673X-RAY DIFFRACTION99.82
4.42-4.870.16551780.15232649X-RAY DIFFRACTION99.79
4.87-5.570.2031450.15662678X-RAY DIFFRACTION99.44
5.57-7.010.21291370.18092706X-RAY DIFFRACTION99.06
7.01-41.240.17431470.14862623X-RAY DIFFRACTION92.03
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.0915685179 Å / Origin y: 69.8399108756 Å / Origin z: 91.2792063254 Å
111213212223313233
T0.303133467154 Å2-0.0375502931503 Å2-0.00885478000869 Å2-0.306547275493 Å2-0.0201503878056 Å2--0.33281935419 Å2
L0.256969288122 °2-0.106441515757 °2-0.0690702455746 °2-0.541151073791 °2-0.181962405694 °2--0.536543359955 °2
S0.0107551703604 Å °-0.0237681599188 Å °0.0107389394999 Å °0.0333835901797 Å °0.0485561104299 Å °0.128174427868 Å °0.0725741066758 Å °0.0203418582793 Å °1.32881862541E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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