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- PDB-7vr6: Crystal structure of MlaC from Escherichia coli in quasi-open state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vr6
タイトルCrystal structure of MlaC from Escherichia coli in quasi-open state
要素Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / Periplasmic protein / Membrane lipid asymmetry / Segmented domain movement / Mla transport system
機能・相同性Tgt2/MlaC superfamily / Toluene tolerance Ttg2/phospholipid-binding protein MlaC / MlaC protein / intermembrane phospholipid transfer / phospholipid transport / outer membrane-bounded periplasmic space / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dutta, A. / Kanaujia, S.P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)ECR/2018/000013 インド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: MlaC belongs to a unique class of non-canonical substrate-binding proteins and follows a novel phospholipid-binding mechanism.
著者: Dutta, A. / Prasad Kanaujia, S.
履歴
登録2021年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4723
ポリマ－22,7181
非ポリマー7542
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.940, 114.940, 46.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaC


分子量: 22717.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: mlaC / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ADV7
#2: 化合物 ChemComp-PEF / DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 3-[AMINOETHYLPHOSPHORYL]-[1,2-DI-PALMITOYL]-SN-GLYCEROL / DPPE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.7 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年3月28日 / 詳細: VariMax HF
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→57.47 Å / Num. obs: 7857 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 35454 / Scaling rejects: 26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.60.41139988980.8650.2210.4683.8100
9.01-57.470.0287381640.9990.0150.0323699

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.21 Å57.47 Å
Translation5.21 Å57.47 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-30003000データ収集
Aimless0.7.4データスケーリング
MOSFLM7.3.0データ削減
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
Coot0.9.6モデル構築
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UWA

5uwa


解像度: 2.5→57.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 16.892 / SU ML: 0.186 / SU R Cruickshank DPI: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.54 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 368 4.7 %RANDOM
Rwork0.1691 ---
obs0.1714 7487 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.04 Å2 / Biso mean: 31.629 Å2 / Biso min: 13.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20.24 Å2-0 Å2
2--0.47 Å2-0 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→57.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1493 0 51 58 1602
Biso mean--57.4 31.78 -
残基数----185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0131591
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9841.6732148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3561.583590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8015188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.15322.72788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.2515272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9921511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02372
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 31 -
Rwork0.237 542 -
all-573 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.431 Å / Origin y: 19.088 Å / Origin z: 4.362 Å
111213212223313233
T0.0223 Å2-0.0001 Å20.0128 Å2-0.0425 Å20.0238 Å2--0.039 Å2
L0.5346 °2-0.098 °20.0944 °2-1.4245 °20.3921 °2--1.4281 °2
S-0.0696 Å °-0.0698 Å °-0.0226 Å °0.0932 Å °0.079 Å °0.2185 Å °-0.0161 Å °-0.0667 Å °-0.0094 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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