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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vqt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LSD1 in complex with compound 5 | ||||||
要素 | Lysine-specific histone demethylase 1A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / DEMETHYLASE / AMINE OXIDASE / CHROMATIN / HISTONE / FAD / MECHANISM-BASED INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanine metabolic process / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / neuron maturation ...guanine metabolic process / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / neuron maturation / positive regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of androgen receptor signaling pathway / MRF binding / DNA repair complex / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of DNA binding / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cell size / histone demethylase activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / cellular response to cAMP / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of protein binding / positive regulation of protein ubiquitination / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / regulation of protein localization / cellular response to UV / p53 binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / flavin adenine dinucleotide binding / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / oxidoreductase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å | ||||||
データ登録者 | Niwa, H. / Koda, Y. / Sato, S. / Yamamoto, H. / Koyama, H. / Umehara, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022 タイトル: Design and Synthesis of Tranylcypromine-Derived LSD1 Inhibitors with Improved hERG and Microsomal Stability Profiles. 著者: Koda, Y. / Sato, S. / Yamamoto, H. / Niwa, H. / Watanabe, H. / Watanabe, C. / Sato, T. / Nakamura, K. / Tanaka, A. / Shirouzu, M. / Honma, T. / Fukami, T. / Koyama, H. / Umehara, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vqt.cif.gz | 326.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vqt.ent.gz | 223.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vqt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vqt_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vqt_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7vqt_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vqt_validation.cif.gz | 33.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/7vqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/7vqt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vqsC 7vquC 6kgpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74333.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / プラスミド: PETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3) 参照: UniProt: O60341, [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase | ||||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-TLA / | #4: 化合物 | ChemComp-7UW / | #5: 化合物 | ChemComp-FAD / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M MES (pH 6.2-6.3), 0.2M diammonium tartrate, 0.0005M TCEP, 10-12% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.91→47.83 Å / Num. obs: 24188 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 87.46 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.125 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.91→3.09 Å / 冗長度: 18.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3846 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.45 / Rrim(I) all: 1.972 / Rsym value: 1.916 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6KGP 解像度: 2.91→47.83 Å / SU ML: 0.4682 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 28.5999 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 97.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.91→47.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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