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- PDB-7vpu: Crystal structure of the ligand-binding domain of L. thermotolera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vpu
タイトルCrystal structure of the ligand-binding domain of L. thermotolerans Upc2 in complex with ergosterol
要素Sterol uptake control protein 2 (Upc2)
キーワードTRANSCRIPTION / ergosterol / transcription factor / ligand-binding / zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Fungal transcription factor / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ERGOSTEROL / KLTH0F07854p
類似検索 - 構成要素
生物種Lachancea thermotolerans CBS 6340 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Tan, L. / Im, Y.J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1085530 韓国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for activation of fungal sterol receptor Upc2 and azole resistance.
著者: Tan, L. / Chen, L. / Yang, H. / Jin, B. / Kim, G. / Im, Y.J.
履歴
登録2021年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterol uptake control protein 2 (Upc2)
B: Sterol uptake control protein 2 (Upc2)
C: Sterol uptake control protein 2 (Upc2)
D: Sterol uptake control protein 2 (Upc2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,0568
ポリマ－148,4694
非ポリマー1,5874
水00
1
A: Sterol uptake control protein 2 (Upc2)
B: Sterol uptake control protein 2 (Upc2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0284
ポリマ－74,2352
非ポリマー7932
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area26410 Å2
手法PISA
2
C: Sterol uptake control protein 2 (Upc2)
D: Sterol uptake control protein 2 (Upc2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0284
ポリマ－74,2352
非ポリマー7932
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1610 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area25860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.379, 147.127, 90.948
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.325, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Sterol uptake control protein 2 (Upc2)


分子量: 37117.344 Da / 分子数: 4 / 変異: 587-600 deletion, S599V, M600D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachancea thermotolerans CBS 6340 (菌類)
株: CBS 6340 / 遺伝子: KLTH0F07854g / プラスミド: pHIS2-Thr
詳細 (発現宿主): N-terminal cleavable hexa-histidine tag
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5DKV6
#2: 化合物
ChemComp-ERG / ERGOSTEROL / エルゴスタ-5,7,22-トリエン-3β-オ-ル


分子量: 396.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M Na-Acetate pH 4.0, 15% PEG 20000, 0.2 M NaNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 49148 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 58.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 2446 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N9N

4n9n


解像度: 2.59→24.31 Å / SU ML: 0.366 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6909
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 2485 5.06 %
Rwork0.2289 46617 -
obs0.2314 49102 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→24.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8512 0 116 0 8628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01228834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.139412019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.16141404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0151483
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.99445232
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.640.35931070.30952321X-RAY DIFFRACTION88.61
2.64-2.690.35781410.29652617X-RAY DIFFRACTION99.86
2.69-2.750.3411260.29462628X-RAY DIFFRACTION99.96
2.75-2.820.40891370.30942623X-RAY DIFFRACTION99.93
2.82-2.890.35031400.30042597X-RAY DIFFRACTION99.89
2.89-2.960.35441440.29392611X-RAY DIFFRACTION99.93
2.96-3.050.33911470.2952640X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.150.35391330.28632606X-RAY DIFFRACTION99.96
3.15-3.260.3551330.28282643X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.390.31641500.26912622X-RAY DIFFRACTION100
3.39-3.550.31041580.25522598X-RAY DIFFRACTION99.86
3.55-3.730.29661490.22362617X-RAY DIFFRACTION99.96
3.73-3.970.23061340.21712636X-RAY DIFFRACTION99.82
3.97-4.270.22961300.19392635X-RAY DIFFRACTION99.96
4.27-4.70.21711490.18142625X-RAY DIFFRACTION99.96
4.7-5.370.24611660.18782624X-RAY DIFFRACTION99.82
5.37-6.740.25361300.22792634X-RAY DIFFRACTION99.96
6.74-24.310.25051110.19282340X-RAY DIFFRACTION86.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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