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- PDB-7vpt: Structure of the C. glabrata importin alpha ARM domain - Upc2 NLS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vpt
タイトルStructure of the C. glabrata importin alpha ARM domain - Upc2 NLS fusion
要素C. glabrata importin alpha ARM domain - Upc2 NLS fusion
キーワードPROTEIN TRANSPORT / importin / nuclear transport / protein sorting
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sterol import / positive regulation of ergosterol biosynthetic process / positive regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / proteasome localization / ergosterol biosynthetic process / NLS-dependent protein nuclear import complex / protein targeting to membrane / nuclear import signal receptor activity / NLS-bearing protein import into nucleus / cellular response to xenobiotic stimulus ...positive regulation of sterol import / positive regulation of ergosterol biosynthetic process / positive regulation of filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / proteasome localization / ergosterol biosynthetic process / NLS-dependent protein nuclear import complex / protein targeting to membrane / nuclear import signal receptor activity / NLS-bearing protein import into nucleus / cellular response to xenobiotic stimulus / disordered domain specific binding / nuclear envelope / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fungal transcription factor / : / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Importin subunit alpha ...Fungal transcription factor / : / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha / Zn(2)-C6 fungal-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種[Candida] glabrata CBS 138 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tan, L. / Im, Y.J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1085530 韓国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for activation of fungal sterol receptor Upc2 and azole resistance.
著者: Tan, L. / Chen, L. / Yang, H. / Jin, B. / Kim, G. / Im, Y.J.
履歴
登録2021年10月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C. glabrata importin alpha ARM domain - Upc2 NLS fusion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1731
ポリマ－52,1731
非ポリマー00
水99155
1
A: C. glabrata importin alpha ARM domain - Upc2 NLS fusion

A: C. glabrata importin alpha ARM domain - Upc2 NLS fusion

A: C. glabrata importin alpha ARM domain - Upc2 NLS fusion


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,5203
ポリマ－156,5203
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area11490 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area57090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.025, 119.025, 74.511
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 C. glabrata importin alpha ARM domain - Upc2 NLS fusion


分子量: 52173.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) [Candida] glabrata CBS 138 (菌類) / 株: CBS 138 / 遺伝子: CAGL0J11440g, UPC2A / プラスミド: pHIS2-Thr / 詳細 (発現宿主): N-terminal cleavable hexa-histidine / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6FNI4, UniProt: Q6FX18
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.21 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 30% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 20974 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 36.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 46.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Num. unique obs: 1048

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XGR

4xgr


解像度: 2.5→34.53 Å / SU ML: 0.2696 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5344
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2661 1979 9.45 %
Rwork0.1999 18955 -
obs0.2061 20934 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3629 0 0 55 3684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00923685
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12325001
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0635589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.92221382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.560.29491390.20781345X-RAY DIFFRACTION99.73
2.56-2.630.28851450.21311345X-RAY DIFFRACTION99.93
2.63-2.710.29621420.20871350X-RAY DIFFRACTION99.87
2.71-2.80.34281410.20741327X-RAY DIFFRACTION99.8
2.8-2.90.25521400.22141359X-RAY DIFFRACTION99.8
2.9-3.010.32741400.22811324X-RAY DIFFRACTION99.86
3.01-3.150.26991410.221360X-RAY DIFFRACTION99.93
3.15-3.310.32151390.22711356X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.520.27521410.21361361X-RAY DIFFRACTION99.93
3.52-3.790.25421360.20951364X-RAY DIFFRACTION99.87
3.79-4.170.25711400.17181342X-RAY DIFFRACTION99.87
4.17-4.780.26261460.16961368X-RAY DIFFRACTION99.87
4.78-6.010.25181470.20361359X-RAY DIFFRACTION99.87
6.01-34.530.21241420.18911395X-RAY DIFFRACTION99.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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