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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vpn | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the dioxygenase CcTet from Coprinopsis cinereain in complex with Mn(II) and N-Oxalylglycine | |||||||||||||||
![]() | CcTet molecule | |||||||||||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / dioxygenase / 5-methylcytosine oxidation / N6-methyldeoxyadenine demethylation | |||||||||||||||
機能・相同性 | 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / macromolecule modification / metal ion binding / : / N-OXALYLGLYCINE / 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Mu, Y.J. / Zhang, L. / Zhang, L. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A fungal dioxygenase CcTet serves as a eukaryotic 6mA demethylase on duplex DNA. 著者: Mu, Y. / Zhang, L. / Hu, J. / Zhou, J. / Lin, H.W. / He, C. / Chen, H.Z. / Zhang, L. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 288.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 73.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7w5pC ![]() 4nm6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48117.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Okayama-7 / 130 / ATCC MYA-4618 / FGSC 9003 / 遺伝子: CC1G_05589 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-OGA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.34 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 mM Sodium formate, 10% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 66088 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.319 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 757847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4NM6 解像度: 2.6→49.16 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.55 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 178.63 Å2 / Biso mean: 61.5826 Å2 / Biso min: 13.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→49.16 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
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