[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7vpn: Crystal Structure of the dioxygenase CcTet from Coprinopsis ciner... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vpn | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the dioxygenase CcTet from Coprinopsis cinereain in complex with Mn(II) and N-Oxalylglycine | |||||||||||||||
![]() | CcTet molecule | |||||||||||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / dioxygenase / 5-methylcytosine oxidation / N6-methyldeoxyadenine demethylation | |||||||||||||||
Function / homology | 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / macromolecule modification / metal ion binding / : / N-OXALYLGLYCINE / 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein![]() | |||||||||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Mu, Y.J. / Zhang, L. / Zhang, L. | |||||||||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() Title: A fungal dioxygenase CcTet serves as a eukaryotic 6mA demethylase on duplex DNA. Authors: Mu, Y. / Zhang, L. / Hu, J. / Zhou, J. / Lin, H.W. / He, C. / Chen, H.Z. / Zhang, L. | |||||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 288.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 228.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.8 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 2.8 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 53.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 73.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7w5pC ![]() 4nm6S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 48117.977 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: Okayama-7 / 130 / ATCC MYA-4618 / FGSC 9003 / Gene: CC1G_05589 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-OGA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.34 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 20 mM Sodium formate, 10% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 13, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 66088 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.319 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 757847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4NM6 Resolution: 2.6→49.16 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.55 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 178.63 Å2 / Biso mean: 61.5826 Å2 / Biso min: 13.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→49.16 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
|