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Yorodumi- PDB-7vpn: Crystal Structure of the dioxygenase CcTet from Coprinopsis ciner... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vpn | |||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of the dioxygenase CcTet from Coprinopsis cinereain in complex with Mn(II) and N-Oxalylglycine | |||||||||||||||
Components | CcTet molecule | |||||||||||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / dioxygenase / 5-methylcytosine oxidation / N6-methyldeoxyadenine demethylation | |||||||||||||||
Function / homology | 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / macromolecule modification / metal ion binding / : / N-OXALYLGLYCINE / 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein Function and homology information | |||||||||||||||
Biological species | Coprinopsis cinerea (fungus) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||||||||
Authors | Mu, Y.J. / Zhang, L. / Zhang, L. | |||||||||||||||
Funding support | China, 4items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2022 Title: A fungal dioxygenase CcTet serves as a eukaryotic 6mA demethylase on duplex DNA. Authors: Mu, Y. / Zhang, L. / Hu, J. / Zhou, J. / Lin, H.W. / He, C. / Chen, H.Z. / Zhang, L. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7vpn.cif.gz | 288.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7vpn.ent.gz | 228.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7vpn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/7vpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/7vpn | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7w5pC 4nm6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 48117.977 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Coprinopsis cinerea (strain Okayama-7 / 130 / ATCC MYA-4618 / FGSC 9003) (fungus) Strain: Okayama-7 / 130 / ATCC MYA-4618 / FGSC 9003 / Gene: CC1G_05589 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A8P1J0 #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-OGA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 20 mM Sodium formate, 10% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.9785 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 13, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 66088 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.319 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 757847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4NM6 Resolution: 2.6→49.16 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.55 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 178.63 Å2 / Biso mean: 61.5826 Å2 / Biso min: 13.78 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.6→49.16 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
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