[日本語] English
万見
- PDB-7vp9: Crystal structure of human ClpP in complex with ZG111 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vp9
タイトルCrystal structure of human ClpP in complex with ZG111
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / mitochondrial protease
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane protein proteolysis / endopeptidase Clp complex / エンドペプチダーゼClp / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATPase binding / endopeptidase activity / ミトコンドリアマトリックス ...membrane protein proteolysis / endopeptidase Clp complex / エンドペプチダーゼClp / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATPase binding / endopeptidase activity / ミトコンドリアマトリックス / serine-type endopeptidase activity / ミトコンドリア / タンパク質分解 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / エンドペプチダーゼClp / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7SR / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.552 Å
データ登録者Wang, P.Y. / Gan, J.H. / Yang, C.-G.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22037007 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21725801 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22107109 中国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Aberrant human ClpP activation disturbs mitochondrial proteome homeostasis to suppress pancreatic ductal adenocarcinoma.
著者: Wang, P. / Zhang, T. / Wang, X. / Xiao, H. / Li, H. / Zhou, L.L. / Yang, T. / Wei, B. / Zhu, Z. / Zhou, L. / Yang, S. / Lu, X. / Zhang, Y. / Huang, Y. / Gan, J. / Yang, C.G.
履歴
登録2021年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,08442
ポリマ－338,65914
非ポリマー8,42528
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Two heptameric monocyclic assemble into a tetradecamer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area52290 Å2
ΔGint-325 kcal/mol
Surface area82200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.806, 97.408, 146.686
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.630, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 59 through 60 or (resid 61...
21(chain B and (resid 59 through 60 or (resid 61...
31(chain C and (resid 59 through 111 or (resid 112...
41(chain D and (resid 59 through 60 or (resid 61...
51(chain E and (resid 59 through 60 or (resid 61...
61(chain F and (resid 59 through 60 or (resid 61...
71(chain G and (resid 59 through 60 or (resid 61...
81(chain H and (resid 59 through 60 or (resid 61...
91(chain I and (resid 59 through 60 or (resid 61...
101(chain J and (resid 59 through 60 or (resid 61...
111(chain K and (resid 59 through 60 or (resid 61...
121(chain L and (resid 59 through 60 or (resid 61...
131(chain M and (resid 59 through 60 or (resid 61...
141(chain N and (resid 59 through 60 or (resid 61...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEPROPRO(chain A and (resid 59 through 60 or (resid 61...AA59 - 603 - 4
12ILEILEILEILE(chain A and (resid 59 through 60 or (resid 61...AA615
13LEULEUPROPRO(chain A and (resid 59 through 60 or (resid 61...AA58 - 2492 - 193
14LEULEUPROPRO(chain A and (resid 59 through 60 or (resid 61...AA58 - 2492 - 193
15LEULEUPROPRO(chain A and (resid 59 through 60 or (resid 61...AA58 - 2492 - 193
16LEULEUPROPRO(chain A and (resid 59 through 60 or (resid 61...AA58 - 2492 - 193
21ILEILEPROPRO(chain B and (resid 59 through 60 or (resid 61...BB59 - 603 - 4
22ILEILEILEILE(chain B and (resid 59 through 60 or (resid 61...BB615
23LEULEUPROPRO(chain B and (resid 59 through 60 or (resid 61...BB58 - 2492 - 193
24LEULEUPROPRO(chain B and (resid 59 through 60 or (resid 61...BB58 - 2492 - 193
25LEULEUPROPRO(chain B and (resid 59 through 60 or (resid 61...BB58 - 2492 - 193
26LEULEUPROPRO(chain B and (resid 59 through 60 or (resid 61...BB58 - 2492 - 193
31ILEILEASNASN(chain C and (resid 59 through 111 or (resid 112...CC59 - 1113 - 55
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 59 through 111 or (resid 112...CC112 - 11356 - 57
33ILEILEPROPRO(chain C and (resid 59 through 111 or (resid 112...CC59 - 2493 - 193
34ILEILEPROPRO(chain C and (resid 59 through 111 or (resid 112...CC59 - 2493 - 193
35ILEILEPROPRO(chain C and (resid 59 through 111 or (resid 112...CC59 - 2493 - 193
36ILEILEPROPRO(chain C and (resid 59 through 111 or (resid 112...CC59 - 2493 - 193
41ILEILEPROPRO(chain D and (resid 59 through 60 or (resid 61...DD59 - 603 - 4
42ILEILEILEILE(chain D and (resid 59 through 60 or (resid 61...DD615
43LEULEUPROPRO(chain D and (resid 59 through 60 or (resid 61...DD58 - 2482 - 192
44LEULEUPROPRO(chain D and (resid 59 through 60 or (resid 61...DD58 - 2482 - 192
45LEULEUPROPRO(chain D and (resid 59 through 60 or (resid 61...DD58 - 2482 - 192
46LEULEUPROPRO(chain D and (resid 59 through 60 or (resid 61...DD58 - 2482 - 192
51ILEILEPROPRO(chain E and (resid 59 through 60 or (resid 61...EE59 - 603 - 4
52ILEILEILEILE(chain E and (resid 59 through 60 or (resid 61...EE615
53LEULEUPROPRO(chain E and (resid 59 through 60 or (resid 61...EE58 - 2492 - 193
54LEULEUPROPRO(chain E and (resid 59 through 60 or (resid 61...EE58 - 2492 - 193
55LEULEUPROPRO(chain E and (resid 59 through 60 or (resid 61...EE58 - 2492 - 193
56LEULEUPROPRO(chain E and (resid 59 through 60 or (resid 61...EE58 - 2492 - 193
61ILEILEPROPRO(chain F and (resid 59 through 60 or (resid 61...FF59 - 603 - 4
62ILEILEILEILE(chain F and (resid 59 through 60 or (resid 61...FF615
63PROPROPROPRO(chain F and (resid 59 through 60 or (resid 61...FF57 - 2491 - 193
64PROPROPROPRO(chain F and (resid 59 through 60 or (resid 61...FF57 - 2491 - 193
65PROPROPROPRO(chain F and (resid 59 through 60 or (resid 61...FF57 - 2491 - 193
66PROPROPROPRO(chain F and (resid 59 through 60 or (resid 61...FF57 - 2491 - 193
71ILEILEPROPRO(chain G and (resid 59 through 60 or (resid 61...GG59 - 603 - 4
72ILEILEILEILE(chain G and (resid 59 through 60 or (resid 61...GG615
73LEULEUPROPRO(chain G and (resid 59 through 60 or (resid 61...GG58 - 2492 - 193
74LEULEUPROPRO(chain G and (resid 59 through 60 or (resid 61...GG58 - 2492 - 193
75LEULEUPROPRO(chain G and (resid 59 through 60 or (resid 61...GG58 - 2492 - 193
76LEULEUPROPRO(chain G and (resid 59 through 60 or (resid 61...GG58 - 2492 - 193
81ILEILEPROPRO(chain H and (resid 59 through 60 or (resid 61...HH59 - 603 - 4
82ILEILEILEILE(chain H and (resid 59 through 60 or (resid 61...HH615
83LEULEUPROPRO(chain H and (resid 59 through 60 or (resid 61...HH58 - 2492 - 193
84LEULEUPROPRO(chain H and (resid 59 through 60 or (resid 61...HH58 - 2492 - 193
85LEULEUPROPRO(chain H and (resid 59 through 60 or (resid 61...HH58 - 2492 - 193
86LEULEUPROPRO(chain H and (resid 59 through 60 or (resid 61...HH58 - 2492 - 193
91ILEILEPROPRO(chain I and (resid 59 through 60 or (resid 61...II59 - 603 - 4
92ILEILEILEILE(chain I and (resid 59 through 60 or (resid 61...II615
93PROPROPROPRO(chain I and (resid 59 through 60 or (resid 61...II57 - 2491 - 193
94PROPROPROPRO(chain I and (resid 59 through 60 or (resid 61...II57 - 2491 - 193
95PROPROPROPRO(chain I and (resid 59 through 60 or (resid 61...II57 - 2491 - 193
96PROPROPROPRO(chain I and (resid 59 through 60 or (resid 61...II57 - 2491 - 193
101ILEILEPROPRO(chain J and (resid 59 through 60 or (resid 61...JJ59 - 603 - 4
102ILEILEILEILE(chain J and (resid 59 through 60 or (resid 61...JJ615
103PROPROPROPRO(chain J and (resid 59 through 60 or (resid 61...JJ57 - 2491 - 193
104PROPROPROPRO(chain J and (resid 59 through 60 or (resid 61...JJ57 - 2491 - 193
105PROPROPROPRO(chain J and (resid 59 through 60 or (resid 61...JJ57 - 2491 - 193
106PROPROPROPRO(chain J and (resid 59 through 60 or (resid 61...JJ57 - 2491 - 193
111ILEILEPROPRO(chain K and (resid 59 through 60 or (resid 61...KK59 - 603 - 4
112ILEILEILEILE(chain K and (resid 59 through 60 or (resid 61...KK615
113PROPROPROPRO(chain K and (resid 59 through 60 or (resid 61...KK57 - 2491 - 193
114PROPROPROPRO(chain K and (resid 59 through 60 or (resid 61...KK57 - 2491 - 193
115PROPROPROPRO(chain K and (resid 59 through 60 or (resid 61...KK57 - 2491 - 193
116PROPROPROPRO(chain K and (resid 59 through 60 or (resid 61...KK57 - 2491 - 193
121ILEILEPROPRO(chain L and (resid 59 through 60 or (resid 61...LL59 - 603 - 4
122ILEILEILEILE(chain L and (resid 59 through 60 or (resid 61...LL615
123PROPROPROPRO(chain L and (resid 59 through 60 or (resid 61...LL57 - 2491 - 193
124PROPROPROPRO(chain L and (resid 59 through 60 or (resid 61...LL57 - 2491 - 193
125PROPROPROPRO(chain L and (resid 59 through 60 or (resid 61...LL57 - 2491 - 193
126PROPROPROPRO(chain L and (resid 59 through 60 or (resid 61...LL57 - 2491 - 193
131ILEILEPROPRO(chain M and (resid 59 through 60 or (resid 61...MM59 - 603 - 4
132ILEILEILEILE(chain M and (resid 59 through 60 or (resid 61...MM615
133LEULEUPROPRO(chain M and (resid 59 through 60 or (resid 61...MM58 - 2482 - 192
134LEULEUPROPRO(chain M and (resid 59 through 60 or (resid 61...MM58 - 2482 - 192
135LEULEUPROPRO(chain M and (resid 59 through 60 or (resid 61...MM58 - 2482 - 192
136LEULEUPROPRO(chain M and (resid 59 through 60 or (resid 61...MM58 - 2482 - 192
141ILEILEPROPRO(chain N and (resid 59 through 60 or (resid 61...NN59 - 603 - 4
142ILEILEILEILE(chain N and (resid 59 through 60 or (resid 61...NN615
143LEULEUPROPRO(chain N and (resid 59 through 60 or (resid 61...NN58 - 2482 - 192
144LEULEUPROPRO(chain N and (resid 59 through 60 or (resid 61...NN58 - 2482 - 192
145LEULEUPROPRO(chain N and (resid 59 through 60 or (resid 61...NN58 - 2482 - 192
146LEULEUPROPRO(chain N and (resid 59 through 60 or (resid 61...NN58 - 2482 - 192

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial / Endopeptidase Clp


分子量: 24189.912 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLPP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16740, エンドペプチダーゼClp
#2: 化合物
ChemComp-7SR / (6S,9aS)-N-[(4-bromophenyl)methyl]-6-[(2S)-butan-2-yl]-8-(naphthalen-1-ylmethyl)-4,7-bis(oxidanylidene)-3,6,9,9a-tetrahydro-2H-pyrazino[1,2-a]pyrimidine-1-carboxamide


分子量: 577.512 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H33BrN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M sodium bromide, 20% (w/v) polyethylene glycol 3350
PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→28.838 Å / Num. obs: 90730 / % possible obs: 95.18 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.55-2.642.50.29884160.5330.2040.3640.2989.3
2.64-2.752.60.28684530.5620.1920.3470.32789.5
2.75-2.8730.26888940.6980.1680.3190.34693.8
2.87-3.023.30.22190180.8320.1330.260.41295.4
3.02-3.213.50.18190750.9020.1060.2110.46496.1
3.21-3.463.80.15392140.930.0860.1770.56397
3.46-3.814.30.1193010.9120.0590.1260.71498.2
3.81-4.364.30.08393060.9890.0450.0950.8897.9
4.36-5.484.80.06594480.9930.0330.0740.94298.9
5.48-305.40.05496050.9970.0250.0591.18998.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TG6

1tg6


解像度: 2.552→28.838 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 4637 5.11 %
Rwork0.2019 --
obs0.2034 90673 95.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.51 Å2 / Biso mean: 62.8249 Å2 / Biso min: 19.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.552→28.838 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18668 0 546 55 19269
Biso mean--70.46 46.81 -
残基数----2439
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
12B11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
13C11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
14D11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
15E11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
16F11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
17G11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
18H11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
19I11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
110J11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
111K11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
112L11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
113M11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
114N11117X-RAY DIFFRACTION14.062TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 2.5516→2.5806 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3534 151
Rwork0.3059 -
obs-2422
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.6254 Å / Origin y: -8.8888 Å / Origin z: 36.0402 Å
111213212223313233
T0.2154 Å20.0226 Å20.0222 Å2-0.2418 Å20.0238 Å2--0.1413 Å2
L0.298 °2-0.0111 °20.1728 °2-0.391 °20.0514 °2--0.2749 °2
S-0.0077 Å °-0.1622 Å °-0.0206 Å °0.1703 Å °0.0343 Å °-0.0046 Å °0.0122 Å °-0.0991 Å °0.0015 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る