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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vp1 | |||||||||
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タイトル | Structure of a transcription factor and DNA complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Complex / Transcription factor / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 leaf senescence / leaf development / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.902 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Xu, Y.P. / Wang, B. / Su, X.D. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis for DNA recognition by TCP transcription factors 著者: Zhang, Y. / Xu, Y.P. / Wang, B. / Su, X.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vp1.cif.gz | 85.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vp1.ent.gz | 64.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vp1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/7vp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/7vp1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12045.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: TCP10, At2g31070, T16B12.12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O82277 #2: DNA鎖 | | 分子量: 3614.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | | 分子量: 3712.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.89 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.902→29.21 Å / Num. obs: 6982 / % possible obs: 99.52 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1173 / Rpim(I) all: 0.01942 / Rrim(I) all: 0.1189 / Net I/σ(I): 38.48 |
反射 シェル | 解像度: 2.902→3.006 Å / Rmerge(I) obs: 0.6148 / Num. unique obs: 653 / CC1/2: 0.975 / Rpim(I) all: 0.09861 / Rrim(I) all: 0.6228 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.902→29.21 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.5 Å2 / Biso mean: 49.7307 Å2 / Biso min: 16.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.902→29.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 0.6027 Å / Origin y: 23.5675 Å / Origin z: 4.5119 Å
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精密化 TLSグループ |
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