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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vp2 | |||||||||
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タイトル | Structure of a transcription factor and DNA complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Complex / Transcription factor (転写因子) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 leaf senescence / leaf development / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Xu, Y.P. / Wang, B. / Su, X.D. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis for DNA recognition by TCP transcription factors 著者: Zhang, Y. / Xu, Y.P. / Wang, B. / Su, X.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vp2.cif.gz | 109.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vp2.ent.gz | 79.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vp2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/7vp2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/7vp2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11886.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: TCP10, At2g31070, T16B12.12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O82277 #2: DNA鎖 | | 分子量: 4231.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | | 分子量: 4329.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.91 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% (w/v) PEG 1000, 10% (w/v) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→44.723 Å / Num. obs: 19285 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1028 / Rpim(I) all: 0.04303 / Rrim(I) all: 0.1116 / Net I/σ(I): 13.65 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.989 Å / Rmerge(I) obs: 0.4344 / Num. unique obs: 1888 / CC1/2: 0.866 / Rpim(I) all: 0.2063 / Rrim(I) all: 0.4821 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7VP1 解像度: 1.92→44.72 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 99.89 Å2 / Biso mean: 34.7313 Å2 / Biso min: 12.91 Å2 | ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→44.72 Å
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