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- PDB-7vox: The crystal structure of human forkhead box protein A in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vox
タイトルThe crystal structure of human forkhead box protein A in complex with DNA 2
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3')
  • Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DNA-protein complex / transcription factor / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alveolar secondary septum development / respiratory basal cell differentiation / prostate gland stromal morphogenesis / positive regulation of dopaminergic neuron differentiation / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / anatomical structure formation involved in morphogenesis / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / neuron fate specification / lung epithelial cell differentiation ...alveolar secondary septum development / respiratory basal cell differentiation / prostate gland stromal morphogenesis / positive regulation of dopaminergic neuron differentiation / mesenchymal-epithelial cell signaling involved in prostate gland development / anatomical structure formation involved in morphogenesis / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / epithelial cell maturation involved in prostate gland development / neuron fate specification / lung epithelial cell differentiation / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / dorsal/ventral neural tube patterning / prostate gland epithelium morphogenesis / dopaminergic neuron differentiation / Formation of axial mesoderm / positive regulation of smoothened signaling pathway / hormone metabolic process / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / smoothened signaling pathway / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / microvillus / anatomical structure morphogenesis / Notch signaling pathway / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of miRNA transcription / fibrillar center / sequence-specific double-stranded DNA binding / glucose homeostasis / response to estradiol / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of apoptotic process / chromatin remodeling / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Forkhead box protein, C-terminal / HNF3 C-terminal domain / Fork-head N-terminal / Forkhead N-terminal region / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. ...Forkhead box protein, C-terminal / HNF3 C-terminal domain / Fork-head N-terminal / Forkhead N-terminal region / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Choi, Y. / Yoon, H.J. / Lee, H.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A2B2008142 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: FOXL2 and FOXA1 cooperatively assemble on the TP53 promoter in alternative dimer configurations.
著者: Choi, Y. / Luo, Y. / Lee, S. / Jin, H. / Yoon, H.J. / Hahn, Y. / Bae, J. / Lee, H.H.
履歴
登録2021年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3')
G: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*A)-3')
A: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
B: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
C: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
H: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,32810
ポリマ－67,2798
非ポリマー492
水8,035446
1
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*A)-3')
A: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
C: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6645
ポリマ－33,6404
非ポリマー241
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
2
F: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3')
G: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*A)-3')
B: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
H: Hepatocyte nuclear factor 3-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6645
ポリマ－33,6404
非ポリマー241
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.547, 144.291, 75.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-448-

HOH

21C-331-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 169 through 188 or resid 191...
21(chain B and (resid 169 through 188 or resid 191...
31(chain C and (resid 169 through 188 or resid 191...
41(chain H and (resid 169 through 188 or resid 191...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALASERSER(chain A and (resid 169 through 188 or resid 191...AE169 - 1887 - 26
12LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 169 through 188 or resid 191...AE191 - 21229 - 50
13TRPTRPPROPRO(chain A and (resid 169 through 188 or resid 191...AE214 - 23552 - 73
14LYSLYSGLYGLY(chain A and (resid 169 through 188 or resid 191...AE237 - 23975 - 77
15GLYGLYASPASP(chain A and (resid 169 through 188 or resid 191...AE241 - 24979 - 87
21ALAALASERSER(chain B and (resid 169 through 188 or resid 191...BF169 - 1887 - 26
22LEULEUGLNGLN(chain B and (resid 169 through 188 or resid 191...BF191 - 21229 - 50
23TRPTRPPROPRO(chain B and (resid 169 through 188 or resid 191...BF214 - 23552 - 73
24LYSLYSGLYGLY(chain B and (resid 169 through 188 or resid 191...BF237 - 23975 - 77
25GLYGLYASPASP(chain B and (resid 169 through 188 or resid 191...BF241 - 24979 - 87
31ALAALASERSER(chain C and (resid 169 through 188 or resid 191...CG169 - 1887 - 26
32LEULEUGLNGLN(chain C and (resid 169 through 188 or resid 191...CG191 - 21229 - 50
33TRPTRPPROPRO(chain C and (resid 169 through 188 or resid 191...CG214 - 23552 - 73
34LYSLYSGLYGLY(chain C and (resid 169 through 188 or resid 191...CG237 - 23975 - 77
35GLYGLYASPASP(chain C and (resid 169 through 188 or resid 191...CG241 - 24979 - 87
41ALAALASERSER(chain H and (resid 169 through 188 or resid 191...HH169 - 1887 - 26
42LEULEUGLNGLN(chain H and (resid 169 through 188 or resid 191...HH191 - 21229 - 50
43TRPTRPPROPRO(chain H and (resid 169 through 188 or resid 191...HH214 - 23552 - 73
44LYSLYSGLYGLY(chain H and (resid 169 through 188 or resid 191...HH237 - 23975 - 77
45GLYGLYASPASP(chain H and (resid 169 through 188 or resid 191...HH241 - 24979 - 87

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*T)-3')


分子量: 4895.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*A)-3')


分子量: 4895.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
Hepatocyte nuclear factor 3-alpha / HNF-3-alpha / HNF-3A / Forkhead box protein A1 / Transcription factor 3A / TCF-3A


分子量: 11924.612 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXA1, HNF3A, TCF3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55317
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 6% Tacsimate pH 6.0, and 20% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 44236 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 25.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 406203
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.149.10.61621790.9220.2140.6530.599100
2.14-2.189.30.54321970.9270.1870.5750.582100
2.18-2.229.40.45821690.9470.1570.4840.588100
2.22-2.268.90.68621880.9330.2430.7291.622100
2.26-2.319.40.3821910.9560.130.4020.622100
2.31-2.379.40.3521910.9510.120.370.61100
2.37-2.429.30.27321820.9760.0940.2890.635100
2.42-2.499.20.2422030.9790.0840.2550.625100
2.49-2.568.90.20121890.9810.0710.2130.642100
2.56-2.658.20.17721720.9820.0650.1890.641100
2.65-2.748.60.21422080.9840.0760.2280.96100
2.74-2.859.20.13722160.9820.0480.1450.78100
2.85-2.989.80.12321960.9920.0410.130.823100
2.98-3.149.70.10122210.9940.0350.1070.979100
3.14-3.339.80.08622060.9950.0310.0921.16100
3.33-3.599.50.08822230.9950.0310.0931.506100
3.59-3.959.30.0922340.9970.0310.0951.824100
3.95-4.5290.06822410.9970.0240.0721.53100
4.52-5.78.10.0722580.9950.0260.0751.59100
5.7-509.50.06223720.9970.0210.0661.63999.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CBY

7cby


解像度: 2.1→43.984 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2118 1914 4.65 %
Rwork0.1858 39234 -
obs0.1871 41148 93.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.17 Å2 / Biso mean: 34.462 Å2 / Biso min: 7.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→43.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2804 1312 2 446 4564
Biso mean--9.4 37.86 -
残基数----402
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A864X-RAY DIFFRACTION8.801TORSIONAL
12B864X-RAY DIFFRACTION8.801TORSIONAL
13C864X-RAY DIFFRACTION8.801TORSIONAL
14H864X-RAY DIFFRACTION8.801TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1003-2.15280.2894890.2324208770
2.1528-2.2110.25611100.2163223875
2.211-2.27610.24061370.2139239480
2.2761-2.34950.26561320.2186256587
2.3495-2.43350.24091330.209274292
2.4335-2.53090.27011090.2164295398
2.5309-2.64610.23341270.2152297899
2.6461-2.78560.27441460.21673016100
2.7856-2.96010.2541320.21753007100
2.9601-3.18850.23151370.1963008100
3.1885-3.50930.20681760.16672986100
3.5093-4.01680.1811420.15743051100
4.0168-5.05960.15951880.1483026100
5.0596-43.9840.18151560.17563183100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.10330.010.01720.01420.03550.07120.0464-0.09370.2165-0.0684-0.0088-0.0188-0.033-0.1094-0.00320.1521-0.19220.08520.2101-0.04390.2879-28.526212.214619.6267
20.02-0.0184-0.00860.02220.00410.01420.0238-0.08330.1820.0503-0.03230.0233-0.0148-0.0248-0.07980.0972-0.1840.06220.1821-0.03220.2192-27.41210.102620.283
30.01070.0205-0.00580.05470.02260.02250.0038-0.02880.0508-0.0527-0.0005-0.08610.0752-0.0089-0.04960.1191-0.16740.05570.0843-0.05570.184712.511742.135918.0645
40.02830.0333-0.00650.09660.04340.0319-0.01960.0053-0.069-0.15450.0369-0.02410.0397-0.0031-0.00770.203-0.13280.02960.1241-0.06990.171410.357243.127117.4567
50.07020.00310.0130.0697-0.01960.0086-0.0308-0.0312-0.046-0.06440.0397-0.00180.0662-0.070.03120.1443-0.070.02490.16240.00470.0894-18.68471.032514.1575
60.41890.11240.04350.19330.18020.3242-0.13740.03080.4074-0.04660.00660.1551-0.08040.0453-0.17870.078-0.0505-0.02190.1626-0.00560.19918.544771.493921.427
70.0724-0.0003-0.00260.142-0.05720.08560.0503-0.0264-0.02870.0591-0.055-0.11360.00310.0135-0.01850.1471-0.0512-0.01350.0670.00820.08910.309119.262616.1763
80.04540.02220.02960.4308-0.04710.03210.087-0.15640.0861-0.0476-0.05350.22920.0098-0.13160.19090.1448-0.05320.02520.1389-0.06570.11050.990351.61623.4745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'D' and resid 1 through 16)D1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'E' and resid 1 through 16)E1 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'F' and resid 1 through 16)F1 - 16
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'G' and resid 1 through 16)G1 - 16
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'A' and resid 168 through 252)A168 - 252
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'B' and resid 168 through 250)B168 - 250
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'C' and resid 168 through 252)C168 - 252
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 168 through 252)H168 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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