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- PDB-7vov: The crystal structure of human forkhead box protein in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vov
タイトルThe crystal structure of human forkhead box protein in complex with DNA 2
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')
  • Forkhead box protein L2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


granulosa cell differentiation / female somatic sex determination / extraocular skeletal muscle development / cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / oocyte growth / embryonic eye morphogenesis / positive regulation of luteinizing hormone secretion / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / apoptotic DNA fragmentation / Flemming body ...granulosa cell differentiation / female somatic sex determination / extraocular skeletal muscle development / cysteine-type endopeptidase regulator activity involved in apoptotic process / oocyte growth / embryonic eye morphogenesis / positive regulation of luteinizing hormone secretion / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / apoptotic DNA fragmentation / Flemming body / ubiquitin conjugating enzyme binding / uterus development / SUMOylation of transcription factors / anatomical structure morphogenesis / single fertilization / ovarian follicle development / nuclear estrogen receptor binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein L2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Choi, Y. / Yoon, H.J. / Lee, H.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2018R1A2B2008142 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: FOXL2 and FOXA1 cooperatively assemble on the TP53 promoter in alternative dimer configurations.
著者: Choi, Y. / Luo, Y. / Lee, S. / Jin, H. / Yoon, H.J. / Hahn, Y. / Bae, J. / Lee, H.H.
履歴
登録2021年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Forkhead box protein L2
B: Forkhead box protein L2
C: DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5124
ポリマ－31,5124
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.600, 98.600, 64.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Forkhead box protein L2


分子量: 11012.628 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58012
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*A)-3')


分子量: 4895.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*T)-3')


分子量: 4591.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 6% ethylene glycol, 0.1 M Citric acid pH 3.5, and 15% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.5
反射解像度: 3.14→19.766 Å / Num. obs: 6586 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.676 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.867 / Net I/σ(I): 37.42 / Num. measured all: 129588
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.14-3.3318.530.3766.5419234104510380.9960.38799.3
3.33-3.5619.1770.3648.1188329829820.9850.373100
3.56-3.8421.1490.23513.49195429249240.9940.241100
3.84-4.221.1050.15121.83177498418410.9960.155100
4.2-4.720.4980.08142.03160507837830.9990.083100
4.7-5.4119.9310.06450.89136736866860.9990.066100
5.41-6.6117.8080.04376.07103825835830.9990.044100
6.61-9.2719.3080.026110.81901746746710.027100
9.27-19.76618.1170.023130.99510929028210.02397.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C6Y

2c6y


解像度: 3.15→19.766 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 52 / 位相誤差: 30.58 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 324 4.99 %
Rwork0.2485 6139 -
obs0.2588 6493 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 236.87 Å2 / Biso mean: 89.7719 Å2 / Biso min: 42.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→19.766 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1499 636 0 0 2135
残基数----208
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.1527-3.9650.2861600.257430283188
3.965-17.90680.27861640.257331113275
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36160.3844-0.15811.0819-0.23830.31060.09940.0128-0.0237-0.07850.18790.02930.04530.05750.08910.1993-0.28640.0069-0.1795-0.00791.163733.6181-32.1617-0.6997
20.40770.46410.08850.76990.17890.030.18440.1083-0.01920.06320.13980.0254-0.0545-0.03310.13440.1484-0.6520.20990.10970.1651.192733.5069-34.0653-3.0351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and resid 0 through 15)C0 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'D' and resid 3 through 17)D3 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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