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- PDB-7vo6: High resolution crystal structure of human PSMD10 (Gankyrin) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vo6
タイトルHigh resolution crystal structure of human PSMD10 (Gankyrin)
要素26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 10
キーワードONCOPROTEIN / Proteasomal Chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome regulatory particle assembly / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Proteasome assembly / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / transcription factor binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of MAPK cascade / proteasome complex / positive regulation of protein ubiquitination ...proteasome regulatory particle assembly / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Proteasome assembly / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / transcription factor binding / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of MAPK cascade / proteasome complex / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule cytoskeleton / positive regulation of cell growth / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cytoskeleton / cilium / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Mukund Sudharsan, M.G. / Venkatraman, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other governmentICMR No. 5/13/62/2020-NCD-III インド
引用ジャーナル: Curr.Sci. / 年: 2022
タイトル: A crystal form of PSMD10 Gankyrin with channels accessible to small molecules.
著者: Sudharsan, M.G.M. / Venkatraman, P.
履歴
登録2021年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5642
ポリマ－24,4601
非ポリマー1041
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.085, 60.085, 122.377
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-596-

HOH

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要素

#1: タンパク質 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 10 / 26S proteasome regulatory subunit p28 / Gankyrin / p28(GANK)


分子量: 24459.855 Da / 分子数: 1 / Mutation: 0 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSMD10 / プラスミド: pRSETA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O75832
#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 60% v/v Tacsimate pH 7.0 (Hampton Research)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月22日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→47.93 Å / Num. obs: 37545 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 16.44 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.55-1.584.40.1711316161.2172.69386.2
4.21-47.919.149.31896920880.0140.042100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UOH

1uoh


解像度: 1.71→47.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.284 / SU ML: 0.12 / SU R Cruickshank DPI: 0.1063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2314 1505 5.3 %RANDOM
Rwork0.1961 ---
obs0.198 26844 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.17 Å2 / Biso mean: 26.382 Å2 / Biso min: 16.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→47.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1693 0 5 207 1905
Biso mean--37.66 39.28 -
残基数----223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131682
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.6262276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8311.5793693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6785222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.66224.72272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3615285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.784155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02334
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.754 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 105 -
Rwork0.385 1898 -
all-2003 -
obs--97.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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