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- PDB-7vo5: Pimaricin type I PKS thioesterase domain (holo Pim TE) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vo5
タイトルPimaricin type I PKS thioesterase domain (holo Pim TE)
要素ScnS4
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / thioesterase / type I thioesterase / pimaricin / polyketide synthase thioesterase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


phenol-containing compound biosynthetic process / toxin biosynthetic process / macrolide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Thioesterase / Thioesterase domain ...: / Polyketide synthase extender module SpnB, Rossmann fold domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces chattanoogensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bai, L. / Zhou, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Not funded 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into Chain Release of the Polyene PKS Thioesterase Domain
著者: Zhou, Y. / Tao, W. / Qi, Z. / Wei, J. / Shi, T. / Kang, Q. / Zheng, J. / Zhao, Y. / Bai, L.
履歴
登録2021年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ScnS4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3922
ポリマ－30,8991
非ポリマー4931
水95553
1
A: ScnS4
ヘテロ分子

A: ScnS4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7834
ポリマ－61,7982
非ポリマー9852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.449, 95.449, 102.708
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 ScnS4


分子量: 30898.953 Da / 分子数: 1 / 断片: pimaricin type I PKS thioesterase domain (Pim TE) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces chattanoogensis (バクテリア)
遺伝子: scnS4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F1CLA7
#2: 化合物 ChemComp-81E / (1R,3S,5E,7S,11R,13E,15E,17E,19E,21R,23S,24R,25S)-11,24-dimethyl-1,3,7,21,25-pentakis(oxidanyl)-10,27-dioxabicyclo[21.3.1]heptacosa-5,13,15,17,19-pentaen-9-one


分子量: 492.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H40O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 1.5M Sodium citrate tribasic dihydrate
PH範囲: 7.5-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→82.66 Å / Num. obs: 20938 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.449.41.23810330.8470.4251.3090.907100
2.44-2.499.51.15610240.880.3941.2210.907100
2.49-2.539.80.98510530.9010.3321.040.906100
2.53-2.5910.40.83810600.9360.2730.8820.934100
2.59-2.6410.70.73510310.9720.2360.7720.936100
2.64-2.710.60.60910330.9650.1960.641.039100
2.7-2.7710.60.49910380.9680.1610.5240.97399.9
2.77-2.8510.50.39910480.9750.1290.4190.961100
2.85-2.9310.50.30310460.9890.0980.3180.964100
2.93-3.0210.30.2510430.990.0810.2631.033100
3.02-3.139.90.18510390.9930.0620.1951.035100
3.13-3.269.70.15110550.9930.0510.1591.047100
3.26-3.4110.20.11110320.9970.0360.1171.052100
3.41-3.5810.80.10710530.990.0340.1121.147100
3.58-3.8110.70.08810540.9960.0280.0931.107100
3.81-4.110.50.07610350.9970.0240.081.034100
4.1-4.52100.06610630.9970.0220.070.963100
4.52-5.179.70.06410590.9970.0220.0670.925100
5.17-6.5110.70.06610540.9970.0210.070.925100
6.51-509.70.05910850.9940.020.0630.90399.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7VO4

7vo4


解像度: 2.4→82.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 8.15 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2319 992 4.7 %RANDOM
Rwork0.2015 ---
obs0.203 19907 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.49 Å2 / Biso mean: 45.253 Å2 / Biso min: 18.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20.11 Å20 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→82.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2074 0 35 53 2162
Biso mean--43.65 37.34 -
残基数----276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022068
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0581.9872963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1534743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0475275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.95122.63791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.71615329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2081521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02493
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.459 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.528 64 -
Rwork0.462 1479 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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