PDB-7vo1: Structure of aminotransferase-substrate complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vo1

タイトル

Structure of aminotransferase-substrate complex

要素

454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / protein-PLP-substrate complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ornithine aminotransferase / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Sakuraba, H. / Ohshida, T. / Ohshima, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of a novel type of ornithine delta-aminotransferase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii.
著者: Kawakami, R. / Ohshida, T. / Hayashi, J. / Yoneda, K. / Furumoto, T. / Ohshima, T. / Sakuraba, H.

履歴

登録	2021年10月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vo1.cif.gz	366.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vo1.ent.gz	305.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vo1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vo1_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vo1_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7vo1_validation.xml.gz	37.2 KB	表示
CIF形式データ	7vo1_validation.cif.gz	49.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7vo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7vo1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vnoC 7vntC 2eo5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase

B: 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase

B: 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase

ヘテロ分子

A: 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase

B: 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
204 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.740, 113.740, 290.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase 分子量: 50681.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: PH1423 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O50131
#2: 化合物	ChemComp-PGU / N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-L-glutamic acid 分子量: 378.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₂O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.06 % / Mosaicity: 0.365 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3000, MgCl2, cacodylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 23423 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 0.461 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 438249

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.99-3.04	16.2	0.924	1114	0.906	0.232	0.954	0.432	99.9
3.04-3.1	18.2	0.881	1138	0.94	0.21	0.906	0.44	100
3.1-3.16	19.1	0.75	1149	0.951	0.175	0.771	0.436	100
3.16-3.22	19.2	0.596	1135	0.965	0.138	0.612	0.444	100
3.22-3.29	19.1	0.514	1140	0.979	0.12	0.528	0.442	100
3.29-3.37	17.9	0.422	1140	0.98	0.102	0.435	0.462	100
3.37-3.45	18	0.365	1152	0.986	0.088	0.375	0.483	100
3.45-3.54	18.5	0.292	1155	0.991	0.069	0.3	0.483	100
3.54-3.65	20.3	0.28	1146	0.994	0.063	0.288	0.536	100
3.65-3.77	20.4	0.233	1154	0.995	0.052	0.239	0.747	100
3.77-3.9	20.2	0.157	1154	0.997	0.035	0.161	0.47	100
3.9-4.06	19.9	0.118	1164	0.998	0.027	0.121	0.484	100
4.06-4.24	19.7	0.084	1154	0.999	0.019	0.086	0.474	100
4.24-4.47	19.4	0.065	1167	0.999	0.015	0.067	0.463	100
4.47-4.75	18.5	0.053	1187	0.999	0.013	0.055	0.467	100
4.75-5.11	17	0.047	1181	1	0.012	0.048	0.45	100
5.11-5.63	18.8	0.044	1187	0.999	0.01	0.045	0.422	100
5.63-6.44	19.4	0.04	1206	1	0.009	0.041	0.418	100
6.44-8.11	18.4	0.027	1245	1	0.006	0.028	0.373	100
8.11-50	16.4	0.017	1355	1	0.004	0.018	0.271	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2eo5

2eo5

解像度: 2.99→49.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 52.281 / SU ML: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.491 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2835	1152	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2201	-	-	-
obs	0.2231	22199	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 199.7 Å² / B_iso mean: 105.239 Å² / B_iso min: 58.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.07 Å²	0.53 Å²	0 Å²
2-	-	1.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.99→49.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7108	0	50	29	7187
B_iso mean	-	-	107.63	76.96	-
残基数	-	-	-	-	904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	7342
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	7098
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.719	1.643	9938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.197	1.578	16376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.721	5	906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.501	22.473	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.418	15	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.333	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	934
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1610

LS精密化シェル

解像度: 2.99→3.068 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.378	78	-
R_work	0.307	1591	-
all	-	1669	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6251	0.0535	0.0637	0.31	-0.3344	0.3893	-0.1379	-0.5414	1.1033	-0.0492	0.1507	0.0399	0.1265	-0.1799	-0.0128	0.3349	0.1725	-0.1747	0.4993	-0.385	0.5604	-23.8206	-38.1655	-7.7738
2	1.1729	0.0115	0.0916	0.1811	-0.3165	0.6085	-0.1426	-0.1034	0.1332	-0.108	0.0906	-0.0307	0.0749	-0.1056	0.052	0.3914	-0.0106	-0.024	0.4301	-0.1742	0.0786	-12.1821	-56.7787	-29.1674
3	1.1748	0.0136	-0.16	0.1874	-0.1179	0.5361	-0.0608	-0.2697	0.5465	-0.1162	0.0158	0.0524	-0.0482	-0.0419	0.0451	0.3373	0.0567	-0.1342	0.356	-0.2688	0.3688	-8.8109	-42.0137	-21.1488
4	0.3322	-0.1674	0.2234	0.091	-0.1278	0.2111	0.0776	-0.0028	0.0506	-0.0166	0.0121	-0.0012	0.068	-0.08	-0.0896	0.3359	0.0298	-0.0642	0.5275	0.0121	0.2729	-44.7474	-47.0385	-32.1424
5	0.9477	0.167	0.2642	0.4579	0.1235	0.1275	-0.2079	-0.3417	0.1127	-0.0351	0.1566	-0.0598	0.0509	-0.1324	0.0513	0.3827	-0.0198	0.0429	0.6488	-0.228	0.0838	-32.4333	-69.8231	-16.2183
6	1.1512	-0.7057	-0.4297	1.5416	-0.3833	1.0176	-0.1351	-0.2774	0.1372	-0.1996	0.0239	0.1114	0.2565	-0.349	0.1112	0.3225	0.0247	0.018	0.6974	-0.3667	0.2229	-41.0699	-69.1532	-12.0031
7	0.7839	-0.7548	0.2019	1.2043	-0.6422	0.4849	-0.1591	-0.1873	0.167	-0.0971	0.2946	0.0291	0.1636	-0.2105	-0.1354	0.2617	-0.0567	-0.0978	0.7149	-0.1374	0.1504	-50.1715	-62.0883	-25.3009

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 86
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	87 - 228
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	229 - 454
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	3 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	86 - 234
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	235 - 295
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	296 - 454

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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