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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vo1 | ||||||
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タイトル | Structure of aminotransferase-substrate complex | ||||||
要素 | 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / protein-PLP-substrate complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ornithine aminotransferase / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å | ||||||
データ登録者 | Sakuraba, H. / Ohshida, T. / Ohshima, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022 タイトル: Crystal structure of a novel type of ornithine delta-aminotransferase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii. 著者: Kawakami, R. / Ohshida, T. / Hayashi, J. / Yoneda, K. / Furumoto, T. / Ohshima, T. / Sakuraba, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vo1.cif.gz | 366.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vo1.ent.gz | 305.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vo1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7vo1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/7vo1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7vnoC 7vntC 2eo5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50681.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌) 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: PH1423 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O50131 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 % / Mosaicity: 0.365 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3000, MgCl2, cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.99→50 Å / Num. obs: 23423 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.461 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 438249 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2eo5 解像度: 2.99→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 52.281 / SU ML: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.491 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 199.7 Å2 / Biso mean: 105.239 Å2 / Biso min: 58.69 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.99→49.09 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.99→3.068 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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