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- PDB-7vnt: Structure of aminotransferase-substrate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vnt
タイトルStructure of aminotransferase-substrate complex
要素454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / protein-PLP-substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine aminotransferase / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...: / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-ornithine / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Ornithine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Sakuraba, H. / Ohshida, T. / Ohshima, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of a novel type of ornithine delta-aminotransferase from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus horikoshii.
著者: Kawakami, R. / Ohshida, T. / Hayashi, J. / Yoneda, K. / Furumoto, T. / Ohshima, T. / Sakuraba, H.
履歴
登録2021年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase
B: 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1437
ポリマ－101,3622
非ポリマー7815
水10,160564
1
A: 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase
B: 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase
ヘテロ分子

A: 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase
B: 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,28614
ポリマ－202,7254
非ポリマー1,56110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+5/61
Buried area29500 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area51290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.747, 113.747, 289.562
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 454aa long hypothetical 4-aminobutyrate aminotransferase


分子量: 50681.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH1423 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O50131

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非ポリマー , 5種, 569分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 % / Mosaicity: 0.156 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3000, MgCl2, cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 84821 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 0.601 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 1640839
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.92-1.9518.41.16341470.8610.2761.1960.43199
1.95-1.99180.89741350.8970.2160.9230.44399.1
1.99-2.0318.10.74941470.9320.180.7710.44299.1
2.03-2.0718.80.67441630.9440.1590.6930.44399.2
2.07-2.1120.20.57941460.9630.130.5940.44299.2
2.11-2.1620.90.50841630.9750.1120.5210.44699.3
2.16-2.2220.80.40741770.9830.090.4170.45699.4
2.22-2.2820.70.35741850.9870.0790.3660.45999.4
2.28-2.3420.50.31441760.990.070.3220.47299.5
2.34-2.4220.30.26742080.9910.060.2730.4899.5
2.42-2.5120.10.22641870.9940.0510.2320.48799.6
2.51-2.6119.80.19242060.9950.0440.1970.599.6
2.61-2.72190.16442310.9960.0380.1690.52299.7
2.72-2.8717.30.13542500.9970.0330.1390.5799.7
2.87-3.0518.50.11542630.9970.0270.1180.63799.8
3.05-3.2820.50.09642790.9980.0210.0990.70799.8
3.28-3.6120.20.08242950.9980.0180.0840.8499.8
3.61-4.1419.50.07343520.9990.0170.0750.98899.9
4.14-5.2117.50.06544290.9990.0160.0671.047100
5.21-5017.80.06546820.9980.0160.0671.18499.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2eo5

2eo5


解像度: 1.92→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.413 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 4259 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.1827 80531 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.52 Å2 / Biso mean: 31.303 Å2 / Biso min: 11.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20.28 Å20 Å2
2--0.56 Å2-0 Å2
3----1.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7108 0 49 564 7721
Biso mean--55.48 40.22 -
残基数----904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0137338
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.6499928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3761.57816228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6725906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.09122.473372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.942151280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7121544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021508
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 269 -
Rwork0.254 5854 -
all-6123 -
obs--98.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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