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- PDB-7vnv: Crystal Structure of tRNAVal from Sulfolobus Tokodaii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vnv
タイトルCrystal Structure of tRNAVal from Sulfolobus Tokodaii
要素RNA (78-MER)
キーワードRNA / tRNAVal
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yamashita, S. / Ohira, T. / Suzuki, T. / Tomtia, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H03980 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Reversible RNA phosphorylation stabilizes tRNA for cellular thermotolerance.
著者: Ohira, T. / Minowa, K. / Sugiyama, K. / Yamashita, S. / Sakaguchi, Y. / Miyauchi, K. / Noguchi, R. / Kaneko, A. / Orita, I. / Fukui, T. / Tomita, K. / Suzuki, T.
履歴
登録2021年10月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02022年6月15日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 3.02023年7月26日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_poly_seq_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_ins_code ..._atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
改定 3.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (78-MER)
B: RNA (78-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9032
ポリマ－50,9032
非ポリマー00
水1,65792
1
A: RNA (78-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4511
ポリマ－25,4511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA (78-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4511
ポリマ－25,4511
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.650, 116.620, 57.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (78-MER)


分子量: 25451.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 80mM NaCl, 12mM Speremin-4HCl, 30% MPD, 40mM NaCacodylate pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→32.05 Å / Num. obs: 32418 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.719 % / Biso Wilson estimate: 47.227 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.843 / Net I/σ(I): 15.65 / Num. measured all: 217828 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.956.7641.5991.5315719240023240.6021.73196.8
1.95-2.016.6191.2481.9715362235423210.6711.35598.6
2.01-2.076.5920.9142.6814866230522550.7890.99297.8
2.07-2.137.020.7943.4115303220621800.8510.85798.8
2.13-2.26.9960.5854.5115132220221630.9270.63298.2
2.2-2.286.9190.4495.9114060205420320.9610.48598.9
2.28-2.366.8260.3637.113706204320080.9660.39398.3
2.36-2.466.5470.2828.5612511192919110.9750.30799.1
2.46-2.576.7960.21910.9712606187218550.9860.23799.1
2.57-2.697.2040.16914.0112758178417710.9910.18299.3
2.69-2.847.0930.11618.1411881169416750.9950.12598.9
2.84-3.016.8240.07624.3411136164416320.9970.08299.3
3.01-3.226.2640.04931.679127146014570.9980.05499.8
3.22-3.486.3760.04436.558927141514000.9980.04898.9
3.48-3.816.6450.04238.468712131813110.9980.04599.5
3.81-4.266.6520.03840.377690116411560.9980.04299.3
4.26-4.926.1280.03940.26312103810300.9990.04299.2
4.92-6.026.4270.03742.3156758838830.9990.041100
6.02-8.526.0040.03742.1740836886800.9980.0498.8
8.52-32.056.0480.03243.6322623793740.9980.03598.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IVS

1ivs


解像度: 1.9→32.05 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2199 1621 5 %
Rwork0.1947 --
obs0.1959 32415 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3368 0 92 3460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073754
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0135842
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7461872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007162
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.960.33271300.31552470X-RAY DIFFRACTION97
1.96-2.020.30391340.28722554X-RAY DIFFRACTION98
2.02-2.10.31091340.26862547X-RAY DIFFRACTION98
2.1-2.180.3041360.26622574X-RAY DIFFRACTION98
2.18-2.280.32561340.25582546X-RAY DIFFRACTION99
2.28-2.40.29251340.26382550X-RAY DIFFRACTION99
2.4-2.550.30451350.26422574X-RAY DIFFRACTION99
2.55-2.750.32161370.27272594X-RAY DIFFRACTION99
2.75-3.020.26671350.24452575X-RAY DIFFRACTION99
3.02-3.460.20141360.17722566X-RAY DIFFRACTION99
3.46-4.360.17091370.15172617X-RAY DIFFRACTION99
4.36-32.050.15781390.13872627X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4940.0735-0.39481.21490.55281.10160.14370.227-0.0077-0.2841-0.0501-0.1106-0.11650.1194-0.08740.36680.0334-0.01610.20980.02840.2464-123.407716.710627.6467
22.1630.37630.71252.65280.02862.32290.09440.11540.0774-0.3417-0.01230.02820.1167-0.272-0.07780.30930.01320.00420.20080.0110.2712-133.32249.637427.287
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:76)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 1:76)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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