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- PDB-7vnl: Sandercyanin mutant-F55A-Biliverdin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vnl
タイトルSandercyanin mutant-F55A-Biliverdin complex
要素Sandercyanin Fluorescent Protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Lipocalin / biliverdin
機能・相同性
機能・相同性情報


pigment binding / response to reactive oxygen species / lipid metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipocalin-like domain / Invertebrate colouration protein / Lipocalin, ApoD type / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Apolipoprotein D
類似検索 - 構成要素
生物種Sander vitreus (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Yadav, K. / Ghosh, S. / Subramanian, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR5801/INF/22/156/2012 インド
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2022
タイトル: Phenylalanine stacking enhances the red fluorescence of biliverdin IX alpha on UV excitation in sandercyanin fluorescent protein.
著者: Yadav, K. / Ghosh, S. / Barak, A. / Schaefer, W. / Subramanian, R.
履歴
登録2021年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sandercyanin Fluorescent Protein
B: Sandercyanin Fluorescent Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7216
ポリマ－40,1672
非ポリマー1,5544
水3,765209
1
A: Sandercyanin Fluorescent Protein
B: Sandercyanin Fluorescent Protein
ヘテロ分子

A: Sandercyanin Fluorescent Protein
B: Sandercyanin Fluorescent Protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,44212
ポリマ－80,3354
非ポリマー3,1078
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z+1/21
Buried area14350 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area27390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.388, 158.388, 81.073
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Sandercyanin Fluorescent Protein


分子量: 20083.652 Da / 分子数: 2 / 変異: F55A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sander vitreus (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D5B367
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C33H34N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.5 % / 解説: Rod shaped and hexagonal
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M sodium malonate pH 7, 12% PEG w/v 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9897 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9897 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→79.12 Å / Num. obs: 45351 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 74.4 % / Biso Wilson estimate: 35.59 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.229 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 74.8 % / Num. unique obs: 6479 / CC1/2: 0.586 / Rpim(I) all: 0.581 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.15.2-3472位相決定
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EZ2

5ez2


解像度: 1.93→52.36 Å / SU ML: 0.2237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.1849
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 2263 5.01 %
Rwork0.1933 42938 -
obs0.1949 45201 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→52.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2588 0 112 209 2909
拘束条件タイプ: f_bond_d / Dev ideal: 0.0078 / 数: 2768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-1.970.3241430.32462589X-RAY DIFFRACTION98.88
1.97-2.020.31531410.29692617X-RAY DIFFRACTION99.21
2.02-2.070.37171200.272656X-RAY DIFFRACTION99.36
2.07-2.120.26611470.22872627X-RAY DIFFRACTION99.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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