PDB-7vmy: Crystal structure of LimF prenyltransferase bound with GSPP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vmy

タイトル

Crystal structure of LimF prenyltransferase bound with GSPP

要素

LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / ripp / prenylation / prenyltransferase / abba fold

機能・相同性

Peptide O-prenyltransferase, LynF/TruF/PatF family / Family of unknown function (DUF5838) / transferase activity / metal ion binding / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Limnothrix sp. CACIAM 69d (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Hamada, K. / Kobayashi, S. / Okada, C. / Zhang, Y. / Inoue, S. / Goto, Y. / Suga, H. / Ogata, K. / Sengoku, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Catal / 年: 2022
タイトル: LimF is a versatile prenyltransferase for histidine-C-geranylation on diverse non-natural substrates
著者: Zhang, Y. / Hamada, K. / Nguyen, D.T. / Inoue, S. / Satake, M. / Kobayashi, S. / Okada, C. / Ogata, K. / Okada, M. / Sengoku, T. / Goto, Y. / Suga, H.

履歴

登録	2021年10月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月10日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2022年8月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vmy.cif.gz	310.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vmy.ent.gz	209.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vmy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vmy_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vmy_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	7vmy_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	7vmy_validation.cif.gz	40.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/7vmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/7vmy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vmwC 5ttyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

B: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

ヘテロ分子

70.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.280, 47.520, 61.190
Angle α, β, γ (deg.)	100.124, 104.693, 96.679
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase 分子量: 34725.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Limnothrix sp. CACIAM 69d (バクテリア) 遺伝子: BJG00_018450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A372DCN7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GST / GERANYL S-THIOLODIPHOSPHATE / S-[(2E)-3,7-DIMETHYLOCTA-2,6-DIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / (2E)-3,7-ジメチル-2,6-オクタジエン-1-チオ-ル二りん酸分子量: 330.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₀O₆P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.79 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Mg(OAc)2, PEG 3350, bis-tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→31.52 Å / Num. obs: 47519 / % possible obs: 97.38 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 24.76 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 12.52
反射シェル	解像度: 1.77→1.83 Å / Num. unique obs: 4671 / CC_1/2: 0.765

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TTY

5tty

解像度: 1.77→31.52 Å / SU ML: 0.2303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.9824
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2098	2005	4.22 %
R_work	0.17	45464	-
obs	0.1717	47469	97.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→31.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	68	360	5201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0127	4985
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4192	6757
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0817	727
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0112	875
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.9785	682

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.81	0.3562	138	0.2621	3244	X-RAY DIFFRACTION	95.86
1.81-1.86	0.2788	139	0.2302	3186	X-RAY DIFFRACTION	96.21
1.86-1.92	0.2382	143	0.1984	3203	X-RAY DIFFRACTION	96.32
1.92-1.98	0.2279	138	0.1846	3246	X-RAY DIFFRACTION	96.55
1.98-2.05	0.2407	151	0.1819	3209	X-RAY DIFFRACTION	97.05
2.05-2.13	0.2537	136	0.1869	3229	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.13-2.23	0.2458	140	0.1898	3238	X-RAY DIFFRACTION	97.35
2.23-2.35	0.265	147	0.1733	3267	X-RAY DIFFRACTION	97.54
2.35-2.49	0.2112	144	0.1815	3244	X-RAY DIFFRACTION	97.72
2.49-2.69	0.2387	149	0.1822	3246	X-RAY DIFFRACTION	97.64
2.69-2.96	0.2376	149	0.1845	3290	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.96-3.38	0.1968	141	0.1629	3283	X-RAY DIFFRACTION	98.31
3.38-4.26	0.1639	147	0.1399	3274	X-RAY DIFFRACTION	98.96
4.26-31.52	0.172	143	0.1553	3305	X-RAY DIFFRACTION	99.08

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.92221458839	-0.43552031941	-0.751100239411	2.02896118593	0.528740878843	3.14279464707	0.128397122838	0.252896855422	0.129227575379	-0.262196427156	0.0494223853586	0.159846917059	0.012269474605	-0.263549875988	0.0276990820459	0.175578268565	-0.00754336900097	-0.0265293748301	0.155020809979	0.0279422040783	0.195779576097	30.0149538593	68.8657118912	40.4942862325
2	3.04220538885	-0.329477643735	0.0383547505718	2.51571327657	0.076259797864	2.0743688	0.0265512257679	-0.225740096512	0.104156059302	0.154729484382	-0.0789689897072	-0.0380626969074	-0.0670722808052	-0.14076577201	-0.00666227078733	0.1198210351	-0.00340611364509	0.00733638783891	0.169375617388	0.00736755944296	0.124591206933	29.8979554462	65.0555178507	51.5337134052
3	2.60279957641	0.433031994024	0.0129687013774	3.36695499814	0.505632184138	2.91506954194	-0.0457873124201	-0.0505985707445	-0.330563884997	0.0248576970239	-0.0178159527506	0.159201693381	0.214549546054	-0.100305011782	0.0256802113593	0.110619501055	0.0161522254865	0.0236762125945	0.189587893818	-0.00762626769142	0.201996773078	32.3087481063	49.694036279	55.6809118941
4	3.06513701917	-0.745076236304	0.380008668198	1.20554559908	-0.36990988077	0.866064560128	0.0170915367246	-0.145510405319	-0.595641034886	0.0687005165692	0.0883953475966	0.344095790211	0.0201801291093	-0.178095421007	-0.107635513058	0.18049525846	-0.0154192156584	0.0452721659423	0.246861253136	0.00391855097276	0.293945013882	14.8097905024	51.5161128869	58.3188265177
5	4.42428589581	-0.0340156957036	0.289562306284	1.6347734168	-0.632929963723	1.08925203176	0.123234248332	-0.159923180701	0.474128180071	-0.0140235850519	-0.0250066249404	0.193867014285	-0.142734159927	0.0563620209887	0.0277045818602	0.20603338683	-0.0110587487995	0.0239644684131	0.255561590273	-0.0198292566586	0.207313602936	11.2155694456	71.5919830296	54.7499392923
6	4.06709445548	0.031344445807	-0.135737942116	4.47359389748	-0.121945620988	3.4029464885	0.0284830501296	-0.21794860778	0.311902795351	0.142753288258	0.215721611951	0.339152622981	0.112394111812	-0.363937036829	-0.111278789641	0.100529209006	0.0199916391766	-0.00693571202927	0.239418015384	-0.00925367878734	0.179632542427	16.4043484904	63.2416474207	52.2971309799
7	1.92096331472	-0.156324237532	0.105780549813	2.105785449	0.47884059558	1.27450480834	0.00194558661863	-0.0997136771059	-0.00302599764591	0.0471956642542	-0.014291732194	0.0230835291922	-0.0192430654111	-0.0301791624756	0.00719849486574	0.149913954465	-0.00867572538205	0.00707426191916	0.108901128819	0.0159297645557	0.119520716976	0.995458321194	28.6893103337	35.4590703938
8	3.44406580787	1.01070085	0.343821474274	3.85223142227	0.233083763285	2.78044470346	0.0421068130243	0.101607654662	0.243133877235	-0.0659082871814	-0.0245125590311	-0.40151996454	-0.126890837129	0.200560052635	-0.0326254800161	0.172946023499	0.0095755008591	0.00277242757717	0.118841499359	0.0144068804205	0.188098632441	15.6646386553	32.0446916407	25.7280932855
9	1.27988151481	-0.498704049507	-0.503624792141	2.63150424196	0.0481885820139	0.590895381208	0.0383722640701	-0.0135394201557	0.17721303935	-0.0221415891403	0.0263575306714	-0.0981561267502	-0.116492199739	-0.00302909153305	-0.0509927016001	0.184485182448	-0.0016072246007	-0.00404748282338	0.137747516209	0.00133678404918	0.123013507002	4.03381080255	46.5856576665	27.0796500188

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 9 through 30 )	A	A	9 - 30	1 - 22
2	2	chain 'A' and (resid 31 through 77 )	A	A	31 - 77	23 - 69
3	3	chain 'A' and (resid 78 through 169 )	A	A	78 - 169	70 - 161
4	4	chain 'A' and (resid 170 through 242 )	A	A	170 - 242	162 - 234
5	5	chain 'A' and (resid 243 through 265 )	A	A	243 - 265	235 - 257
6	6	chain 'A' and (resid 266 through 302 )	A	A	266 - 302	258 - 294
7	7	chain 'B' and (resid 8 through 94 )	B	E	8 - 94	1 - 87
8	8	chain 'B' and (resid 95 through 170 )	B	E	95 - 170	88 - 163
9	9	chain 'B' and (resid 171 through 302 )	B	E	171 - 302	164 - 295

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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