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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vlc | |||||||||
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タイトル | Oxy-deoxy intermediate of V2 hemoglobin at 78% oxygen saturation | |||||||||
要素 | (Extracellular ...) x 4 | |||||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / allostery / structural transition / giant hemoglobin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / iron ion binding / heme binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Numoto, N. / Onoda, S. / Kawano, Y. / Okumura, H. / Baba, S. / Fukumori, Y. / Miki, K. / Ito, N. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Biophys Physicobio. / 年: 2022 タイトル: Structures of oxygen dissociation intermediates of 400 kDa V2 hemoglobin provide coarse snapshots of the protein allostery. 著者: Numoto, N. / Onoda, S. / Kawano, Y. / Okumura, H. / Baba, S. / Fukumori, Y. / Miki, K. / Ito, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vlc.cif.gz | 260.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vlc.ent.gz | 206 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vlc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vlc_validation.pdf.gz | 4.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vlc_full_validation.pdf.gz | 4.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7vlc_validation.xml.gz | 49.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vlc_validation.cif.gz | 66.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vlc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Extracellular ... , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 16368.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) / 参照: UniProt: S0BBU7 #2: タンパク質 | 分子量: 15951.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) / 参照: UniProt: S0BBR6 #3: タンパク質 | 分子量: 16519.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) / 参照: UniProt: S0BCU7 #4: タンパク質 | 分子量: 16228.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) / 参照: UniProt: S0BAP9 |
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-糖 , 1種, 2分子
#5: 多糖 |
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-非ポリマー , 4種, 445分子
#6: 化合物 | ChemComp-HEM / #7: 化合物 | ChemComp-OXY / #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 14-17% (w/v) PEG 3350, 100mM HEPES-NaOH pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 66402 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 44.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 10687 / CC1/2: 0.717 / Rsym value: 0.837 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WCT 解像度: 2.2→47.62 Å / SU ML: 0.3245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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