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- PDB-7vld: Oxy-deoxy intermediate of V2 hemoglobin at 69% oxygen saturation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vld
タイトルOxy-deoxy intermediate of V2 hemoglobin at 69% oxygen saturation
要素(Extracellular ...) x 4
キーワードOXYGEN TRANSPORT / allostery / structural transition / giant hemoglobin
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Casein alpha/beta, conserved site / Caseins alpha/beta signature. / Globin, extracellular / Erythrocruorin / : / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Extracellular globin / Extracellular globin / Extracellular globin / Extracellular globin
類似検索 - 構成要素
生物種Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Numoto, N. / Onoda, S. / Kawano, Y. / Okumura, H. / Baba, S. / Fukumori, Y. / Miki, K. / Ito, N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)25870200 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K20971 日本
引用ジャーナル: Biophys Physicobio. / 年: 2022
タイトル: Structures of oxygen dissociation intermediates of 400 kDa V2 hemoglobin provide coarse snapshots of the protein allostery.
著者: Numoto, N. / Onoda, S. / Kawano, Y. / Okumura, H. / Baba, S. / Fukumori, Y. / Miki, K. / Ito, N.
履歴
登録2021年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular A1 globin
B: Extracellular A2 globin
C: Extracellular B2 globin
D: Extracellular B1 globin
E: Extracellular A1 globin
F: Extracellular A2 globin
G: Extracellular B2 globin
H: Extracellular B1 globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,14028
ポリマ－130,1388
非ポリマー6,00320
水14,376798
1
A: Extracellular A1 globin
B: Extracellular A2 globin
C: Extracellular B2 globin
D: Extracellular B1 globin
E: Extracellular A1 globin
F: Extracellular A2 globin
G: Extracellular B2 globin
H: Extracellular B1 globin
ヘテロ分子

A: Extracellular A1 globin
B: Extracellular A2 globin
C: Extracellular B2 globin
D: Extracellular B1 globin
E: Extracellular A1 globin
F: Extracellular A2 globin
G: Extracellular B2 globin
H: Extracellular B1 globin
ヘテロ分子

A: Extracellular A1 globin
B: Extracellular A2 globin
C: Extracellular B2 globin
D: Extracellular B1 globin
E: Extracellular A1 globin
F: Extracellular A2 globin
G: Extracellular B2 globin
H: Extracellular B1 globin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)408,42184
ポリマ－390,41324
非ポリマー18,00860
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area94240 Å2
ΔGint-759 kcal/mol
Surface area125770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.263, 110.263, 196.968
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

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Extracellular ... , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Extracellular A1 globin


分子量: 16368.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) / 参照: UniProt: S0BBU7
#2: タンパク質 Extracellular A2 globin


分子量: 15951.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) / 参照: UniProt: S0BBR6
#3: タンパク質 Extracellular B2 globin


分子量: 16519.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) / 参照: UniProt: S0BCU7
#4: タンパク質 Extracellular B1 globin


分子量: 16228.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) / 参照: UniProt: S0BAP9

-
糖 , 1種, 2分子

#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 816分子

#6: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 14-17% (w/v) PEG 3350, 100mM HEPES-NaOH pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 77995 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 37.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 62700 / CC1/2: 0.529 / Rsym value: 1.05 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WCT

3wct


解像度: 2.1→49.24 Å / SU ML: 0.2881 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.4684 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 3914 5.02 %
Rwork0.1898 74076 -
obs0.1913 77990 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9114 0 410 798 10322
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00329820
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.605313412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03711400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00291714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.42915658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.130.32651180.29742359X-RAY DIFFRACTION87.4
2.13-2.150.31111300.27122420X-RAY DIFFRACTION91.69
2.15-2.180.29581340.26652494X-RAY DIFFRACTION94.94
2.18-2.210.32431400.25322666X-RAY DIFFRACTION97.36
2.21-2.240.32741400.25382616X-RAY DIFFRACTION99.35
2.24-2.280.30561430.24912675X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.310.29191440.23872668X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.350.26111410.22682675X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.390.29731360.21622653X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.430.2651430.20732659X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.480.25541450.20612681X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.530.26861240.20562665X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.590.22751380.20252677X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.650.24091390.19942678X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.710.2391410.19892657X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.790.2591300.19952703X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.870.24871510.19952632X-RAY DIFFRACTION99.96
2.87-2.960.24541370.19482697X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.070.24631560.19892665X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.190.24411500.19692646X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.330.22741590.19772669X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.510.23121310.18492672X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.730.18741470.17362666X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.020.20291300.16732693X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.420.18671460.1622713X-RAY DIFFRACTION100
4.42-5.060.16631370.16142654X-RAY DIFFRACTION100
5.06-6.370.21391400.18762699X-RAY DIFFRACTION100
6.37-49.240.16461440.16762724X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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