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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vlb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of UGT109A1 from Bacillus | ||||||
要素 | UDP-glycosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / glycosyl transferase / UGT109A1 | ||||||
機能・相同性 | UDP-glycosyltransferase, MGT-like / UDP-glycosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / hexosyltransferase activity / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glycosyltransferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, L.Q. / Zhang, Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of UGT109A1 from Bacillus 著者: Chen, L.Q. / Zhang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vlb.cif.gz | 275.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vlb.ent.gz | 226.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vlb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vlb_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vlb_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7vlb_validation.xml.gz | 29.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vlb_validation.cif.gz | 39.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vlb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1iirS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43829.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A289QH46 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.57 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.989 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.989 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→48.75 Å / Num. obs: 26821 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.618 / Num. unique obs: 1302 / CC1/2: 0.97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1IIR 解像度: 3→48.746 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.189 / ESU R Free: 0.403 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 87.384 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→48.746 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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