PDB-7vlb: Crystal structure of UGT109A1 from Bacillus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vlb

タイトル

Crystal structure of UGT109A1 from Bacillus

要素

UDP-glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / glycosyl transferase / UGT109A1

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Chen, L.Q. / Zhang, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of UGT109A1 from Bacillus
著者: Chen, L.Q. / Zhang, Y.

履歴

登録	2021年10月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vlb.cif.gz	275.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vlb.ent.gz	226.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vlb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vlb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1iirS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glycosyltransferase

B: UDP-glycosyltransferase

ヘテロ分子

88.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.874, 137.874, 135.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	UDP-glycosyltransferase 分子量: 43829.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A289QH46
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.57 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.989 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.989 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→48.75 Å / Num. obs: 26821 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_rim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / R_merge(I) obs: 0.618 / Num. unique obs: 1302 / CC_1/2: 0.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IIR

1iir

解像度: 3→48.746 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.189 / ESU R Free: 0.403 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2754	1297	4.845 %
R_work	0.2313	25472	-
all	0.234	-	-
obs	-	26769	99.884 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.384 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.464 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.464 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.929 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→48.746 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5780	0	50	22	5852

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	5937
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.016	5682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.728	1.65	8032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.329	1.581	13156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.968	5	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.237	24.618	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.871	15	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.538	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6655
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.242	0.2	5882
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2831
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.01	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.447	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.321	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.386	9.146	2948
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.385	9.144	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.829	13.711	3678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.828	13.714	3679
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.35	9.505	2988
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.349	9.506	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.743	14.038	4354
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.742	14.037	4355
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.599	108.396	6587
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.598	108.386	6588

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3-3.078	0.339	89	0.309	1847	0.311	1936	0.778	0.762	100	0.298
3.078-3.162	0.326	73	0.289	1807	0.29	1881	0.766	0.8	99.9468	0.273
3.162-3.253	0.311	84	0.264	1754	0.266	1838	0.806	0.848	100	0.243
3.253-3.353	0.299	102	0.252	1684	0.255	1786	0.86	0.861	100	0.224
3.353-3.462	0.279	95	0.254	1648	0.256	1743	0.864	0.898	100	0.233
3.462-3.583	0.282	88	0.225	1599	0.228	1687	0.895	0.912	100	0.201
3.583-3.717	0.292	59	0.246	1563	0.247	1622	0.872	0.898	100	0.221
3.717-3.868	0.241	89	0.224	1478	0.225	1567	0.918	0.912	100	0.19
3.868-4.039	0.256	96	0.195	1401	0.199	1503	0.931	0.938	99.6008	0.161
4.039-4.235	0.228	79	0.179	1372	0.182	1452	0.945	0.948	99.9311	0.145
4.235-4.462	0.247	49	0.188	1328	0.19	1377	0.936	0.944	100	0.147
4.462-4.73	0.246	58	0.187	1258	0.189	1316	0.93	0.944	100	0.151
4.73-5.053	0.22	34	0.204	1198	0.204	1232	0.93	0.935	100	0.168
5.053-5.453	0.295	55	0.226	1100	0.229	1155	0.9	0.916	100	0.177
5.453-5.966	0.312	54	0.251	1029	0.254	1083	0.883	0.899	100	0.204
5.966-6.658	0.299	53	0.254	919	0.257	972	0.884	0.905	100	0.214
6.658-7.664	0.25	49	0.228	831	0.229	886	0.913	0.926	99.3228	0.197
7.664-9.329	0.272	47	0.21	701	0.213	756	0.91	0.943	98.9418	0.193
9.329-12.958	0.305	25	0.222	581	0.226	606	0.899	0.935	100	0.215
12.958-48.746	0.372	19	0.439	373	0.436	392	0.853	0.806	100	0.394

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関連情報:EMDBヘッダ

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