+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vlb | ||||||
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Title | Crystal structure of UGT109A1 from Bacillus | ||||||
Components | UDP-glycosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / glycosyl transferase / UGT109A1 | ||||||
Function / homology | UDP-glycosyltransferase, MGT-like / UDP-glycosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / hexosyltransferase activity / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glycosyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis subsp. spizizenii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Chen, L.Q. / Zhang, Y. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of UGT109A1 from Bacillus Authors: Chen, L.Q. / Zhang, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7vlb.cif.gz | 275.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7vlb.ent.gz | 226.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7vlb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vlb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1iirS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 43829.117 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis subsp. spizizenii (bacteria) Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A289QH46 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.68 Å3/Da / Density % sol: 66.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.989 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 10, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.989 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→48.75 Å / Num. obs: 26821 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 20 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 23 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.618 / Num. unique obs: 1302 / CC1/2: 0.97 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1IIR Resolution: 3→48.746 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 1.189 / ESU R Free: 0.403 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 87.384 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→48.746 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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