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万見
- PDB-7vkv: NMR structure of the zeta-subunit of the F1F0-ATPase from Sinorhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vkv
タイトルNMR structure of the zeta-subunit of the F1F0-ATPase from Sinorhizobium meliloti
要素zeta-subunit
キーワードPROTEIN BINDING / soluble protein / 4 alpha-helix / F1FO-ATPase binding subunit
機能・相同性ATPase inhibitor subunit zeta / ATPase inhibitor subunit zeta superfamily / ATPase inhibitor subunit zeta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Yang, L.Y. / Mendoza-Hoffmann, F. / Buratto, D.
資金援助 中国, メキシコ, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21904088 中国
National Council of Science and Technology (CONACYT)770689 メキシコ
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2023
タイトル: Inhibitory to non-inhibitory evolution of the zeta subunit of the F 1 F O -ATPase of Paracoccus denitrificans and alpha-proteobacteria as related to mitochondrial endosymbiosis.
著者: Mendoza-Hoffmann, F. / Yang, L. / Buratto, D. / Brito-Sanchez, J. / Garduno-Javier, G. / Salinas-Lopez, E. / Uribe-Alvarez, C. / Ortega, R. / Sotelo-Serrano, O. / Cevallos, M.A. / Ramirez- ...著者: Mendoza-Hoffmann, F. / Yang, L. / Buratto, D. / Brito-Sanchez, J. / Garduno-Javier, G. / Salinas-Lopez, E. / Uribe-Alvarez, C. / Ortega, R. / Sotelo-Serrano, O. / Cevallos, M.A. / Ramirez-Silva, L. / Uribe-Carvajal, S. / Perez-Hernandez, G. / Celis-Sandoval, H. / Garcia-Trejo, J.J.
履歴
登録2021年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: zeta-subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6161
ポリマ－11,6161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Superdex 200 has been done to purify the whole F1FO-ATPase of Sinorhizobium meliloty, where we can find the zeta subunit attached to it on a WB. Superdex75 has been used to ...根拠: gel filtration, Superdex 200 has been done to purify the whole F1FO-ATPase of Sinorhizobium meliloty, where we can find the zeta subunit attached to it on a WB. Superdex75 has been used to purify the recombinant zeta subunit, which was used to determine the structure by NMR.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 zeta-subunit


分子量: 11616.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)
株: 1021 / 遺伝子: SMc00496
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92KA6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic15D APSY CBCA(CO)NH
131isotropic14D APSY HACANH
141isotropic15D APSY (HA)CA(CO)NH
151isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
171isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
161isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 1.0 mM [U-13C; U-15N] zeta-subunit, 95% H2O/5% D2O / Label: 13C 15N_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 1.0 mM / 構成要素: zeta-subunit / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態詳細: 50mM phosphate buffer, 100mM NaCl, 4.5 mM NaN3, 1mM EDTA
イオン強度: 75 mM / Label: zeta-subunit / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
UNIOTorsten Herrmannchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
UNIOTorsten Herrmannstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
GROMACSJohn Kerrigan精密化
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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