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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vkq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of D. melanogaster SAMTOR in the SAH bound form | ||||||
要素 | S-adenosylmethionine sensor upstream of mTORC1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SAMTOR / SAH | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 S-adenosyl-L-methionine binding / negative regulation of TORC1 signaling / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.094 Å | ||||||
データ登録者 | Tang, X. / Zhang, T. / Ding, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Molecular mechanism of S -adenosylmethionine sensing by SAMTOR in mTORC1 signaling. 著者: Tang, X. / Zhang, Y. / Wang, G. / Zhang, C. / Wang, F. / Shi, J. / Zhang, T. / Ding, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vkq.cif.gz | 383.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vkq.ent.gz | 311.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vkq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vkq_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vkq_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7vkq_validation.xml.gz | 40.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vkq_validation.cif.gz | 57 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vkq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vkq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vkkSC 7vkrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35012.164 Da / 分子数: 4 / 断片: trasnferase / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Samtor, CG3570 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9W138, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.24 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, and 20% (w/v) PEG 8,000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→49.49 Å / Num. obs: 54989 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4909 / CC1/2: 0.678 / % possible all: 78.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7VKK 解像度: 2.094→41.022 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.94 Å2 / Biso mean: 26.4826 Å2 / Biso min: 6.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.094→41.022 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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