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- PDB-7vkl: Crystal structure of MmIMP3-KH12 in complex with zipcode RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vkl
タイトルCrystal structure of MmIMP3-KH12 in complex with zipcode RNA
要素
  • Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3
  • RNA (8-mer)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / IMP3 / IGF2BP / Zipcode / RNA binding / m6A / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CRD-mediated mRNA stabilization / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / mRNA transport / mRNA 3'-UTR binding / P-body / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / K Homology domain ...KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Li, X.J. / Wu, B.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural basis for the RNA binding properties of mouse IGF2BP3.
著者: Li, X. / Guo, W. / Wen, Y. / Meng, C. / Zhang, Q. / Chen, H. / Zhao, X. / Wu, B.
履歴
登録2021年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年3月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3
B: RNA (8-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8532
ポリマ－20,8532
非ポリマー00
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.982, 62.710, 65.687
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3 / IGF2 mRNA-binding protein 3 / IMP-3 / mIMP-3 / IGF-II mRNA-binding protein 3 / VICKZ family member 3


分子量: 18327.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igf2bp3, Vickz3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CPN8
#2: RNA鎖 RNA (8-mer)


分子量: 2525.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 11985 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 21.18 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 23.167
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 1.078 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1169 / CC1/2: 0.713 / CC star: 0.912 / Rpim(I) all: 0.361 / Rrim(I) all: 1.139 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
REFMACv1.0精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EYZ

7eyz
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.95→28.3 Å / SU ML: 0.2348 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.1434
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2568 607 5.12 %
Rwork0.2123 11256 -
obs0.2146 11863 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1254 167 0 66 1487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00741453
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92041991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0528244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083224
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1186259
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.140.30221360.23732698X-RAY DIFFRACTION96.59
2.14-2.450.28471640.21732778X-RAY DIFFRACTION99.83
2.45-3.090.26491540.22252822X-RAY DIFFRACTION99.87
3.09-28.30.23141530.19882958X-RAY DIFFRACTION99.68
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.70439493904 Å / Origin y: 7.05522020653 Å / Origin z: 14.5119689945 Å
111213212223313233
T0.0911977068079 Å2-0.00117964777251 Å20.0110320331573 Å2-0.102889226393 Å2-0.00403413096164 Å2--0.0878124132219 Å2
L1.77879126506 °20.060351556715 °20.575698244386 °2-2.50923557229 °20.109449890029 °2--2.23543725331 °2
S0.0661420985661 Å °0.00388360083177 Å °-0.063238237956 Å °-0.0219540526401 Å °-0.0133245697407 Å °-0.0167041208934 Å °0.0190929784396 Å °-0.150536755258 Å °-0.0121451568408 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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