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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vkh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with hit 2 | ||||||
要素 | Protein AF-9 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / complex / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events ...modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation factor complex / lysine-acetylated histone binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / 染色体 / 遺伝子発現 / histone binding / molecular adaptor activity / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Y. / Ruan, K. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022 タイトル: Fragment-Based Discovery of AF9 YEATS Domain Inhibitors. 著者: Liu, Y. / Jin, R. / Lu, H. / Bian, K. / Wang, R. / Wang, L. / Gao, R. / Zhang, J. / Wu, J. / Yao, X. / Liu, X. / Liu, D. / Wang, X. / Zhang, Z. / Ruan, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vkh.cif.gz | 71 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vkh.ent.gz | 50.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vkh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/7vkh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7vkgC 4tmpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16328.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT3, AF9, YEATS3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42568 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M trimethylamine N-oxide dehydrate, 0.1 M Tris, 20% w/v PEGMME 2000, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9774 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9774 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 13767 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.26 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.381 / Num. unique obs: 13767 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4TMP 解像度: 2.25→31.65 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.98 Å2 / Biso mean: 28.2108 Å2 / Biso min: 15.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.25→31.65 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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