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万見
- PDB-7vkc: Crystal structure of a bacterial Ser/Thr kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vkc
タイトルCrystal structure of a bacterial Ser/Thr kinase
要素HipA_C domain-containing protein
キーワードTOXIN / kinase / toxin antitoxin
機能・相同性: / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / protein serine/threonine kinase activity / metal ion binding / cytosol / HipA-like C-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Zhen, X. / Ouyang, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170045 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular mechanism of toxin neutralization in the HipBST toxin-antitoxin system of Legionella pneumophila.
著者: Zhen, X. / Wu, Y. / Ge, J. / Fu, J. / Ye, L. / Lin, N. / Huang, Z. / Liu, Z. / Luo, Z.Q. / Qiu, J. / Ouyang, S.
履歴
登録2021年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HipA_C domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0381
ポリマ－37,0381
非ポリマー00
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.948, 64.638, 90.416
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HipA_C domain-containing protein


分子量: 37037.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
遺伝子: lpg2370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZSZ6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.69 % / 解説: cubic
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 8% Tacsimate PH 6.0, 20% PEG 3350 / PH範囲: 6-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.457→32.32 Å / Num. obs: 50396 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 13.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 1.457→1.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 1966 / CC1/2: 0.887

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.46→32.32 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1848 1957 3.9 %
Rwork0.1671 48216 -
obs0.1678 50173 91.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.14 Å2 / Biso mean: 20.6968 Å2 / Biso min: 8.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→32.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2576 0 0 463 3039
Biso mean---31.92 -
残基数----316
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.46-1.490.2648820.23472016209854
1.49-1.530.249970.21882445254266
1.53-1.580.21771180.20562908302678
1.58-1.630.21051360.18723380351691
1.63-1.690.20641490.17683625377497
1.69-1.760.18361500.17163622377297
1.76-1.840.21191500.17223681383198
1.84-1.930.20381510.16713700385199
1.93-2.050.19721510.1593722387399
2.05-2.210.16651510.15863746389799
2.21-2.430.18721520.1623752390499
2.43-2.790.1721540.165938033957100
2.79-3.510.15971550.159938343989100
3.51-32.320.18351610.16253982414399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -35.4806 Å / Origin y: 68.1214 Å / Origin z: 101.2394 Å
111213212223313233
T0.1068 Å2-0.0172 Å2-0.0085 Å2-0.099 Å20.0138 Å2--0.1046 Å2
L0.4636 °2-0.1708 °20.055 °2-0.16 °2-0.0592 °2--0.3083 °2
S0.0077 Å °-0.0381 Å °-0.0247 Å °0.0025 Å °0.0129 Å °0.0046 Å °0.0258 Å °-0.0303 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-4 - 311
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 463

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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