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- PDB-7vkb: Crystal structure of the a bacterial kinase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vkb
タイトルCrystal structure of the a bacterial kinase complex
要素
  • HipA (Persistence to inhibition of murein or DNA biosynthesis)
  • HipA_C domain-containing protein
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / TOXIN ANTITOXIN SYSTEM / TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / HipA-like C-terminal domain-containing protein / HipA (Persistence to inhibition of murein or DNA biosynthesis)
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Zhen, X. / Ouyang, S.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170045 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular mechanism of toxin neutralization in the HipBST toxin-antitoxin system of Legionella pneumophila.
著者: Zhen, X. / Wu, Y. / Ge, J. / Fu, J. / Ye, L. / Lin, N. / Huang, Z. / Liu, Z. / Luo, Z.Q. / Qiu, J. / Ouyang, S.
履歴
登録2021年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HipA_C domain-containing protein
B: HipA (Persistence to inhibition of murein or DNA biosynthesis)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7964
ポリマ－48,6672
非ポリマー1292
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.220, 45.220, 394.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-529-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HipA_C domain-containing protein


分子量: 36957.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
遺伝子: lpg2370
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ZSZ6
#2: タンパク質 HipA (Persistence to inhibition of murein or DNA biosynthesis)


分子量: 11709.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
遺伝子: lpg2369 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZSZ7
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1M Sodium acetate PH 7.0 12% PEG 3350 / PH範囲: 6-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97981 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97981 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→31.871 Å / Num. obs: 38842 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 38.79 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.82→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.089 / Num. unique obs: 2774 / CC1/2: 0.801 / Rpim(I) all: 0.091 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.82→31.87 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 1894 4.9 %
Rwork0.2047 36766 -
obs0.2068 38660 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.45 Å2 / Biso mean: 46.2556 Å2 / Biso min: 27.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→31.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2924 0 8 243 3175
Biso mean--62.32 49.3 -
残基数----363
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.82-1.870.32511200.269225472667
1.87-1.920.33021220.248725642686
1.92-1.970.29651480.229825642712
1.97-2.040.27871340.226425432677
2.04-2.110.24071070.226425972704
2.11-2.190.21271480.203125662714
2.19-2.290.22951290.208725972726
2.29-2.410.25521460.210925652711
2.41-2.560.24271190.214726262745
2.56-2.760.28911440.224626092753
2.76-3.040.26491390.215126562795
3.04-3.480.23991290.208427002829
3.48-4.380.211420.173226902832
4.38-31.870.25411670.206929423109
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.8055 Å / Origin y: 18.4674 Å / Origin z: 73.6968 Å
111213212223313233
T0.1351 Å20.0188 Å20.0224 Å2-0.2203 Å2-0.0262 Å2--0.223 Å2
L1.1208 °20.3686 °20.5591 °2-0.665 °2-0.0297 °2--2.1078 °2
S0.0754 Å °-0.0319 Å °0.1227 Å °0.0891 Å °-0.0836 Å °0.0081 Å °0.1117 Å °-0.1821 Å °-0.0032 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA52 - 312
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 102
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allD1
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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