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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vja | |||||||||
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タイトル | class II photolyase MmCPDII semiquinone to fully reduced TR-SFX studies (10 ns time-point) | |||||||||
![]() | DNA photolyase | |||||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / photolyase / electron transport / photoreduction / time-resolved serial crystallography. | |||||||||
機能・相同性 | ![]() photoreactive repair / deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / nucleotide binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Maestre-Reyna, M. / Yang, C.-H. / Huang, W.-C. / Nango, E. / Ngura Putu, E.P.G. / Franz-Badur, S. / Wu, W.-J. / Wu, H.-Y. / Wang, P.-H. / Hosokawa, Y. ...Maestre-Reyna, M. / Yang, C.-H. / Huang, W.-C. / Nango, E. / Ngura Putu, E.P.G. / Franz-Badur, S. / Wu, W.-J. / Wu, H.-Y. / Wang, P.-H. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Emmerich, H.-J. / Liao, J.-H. / Lee, C.-C. / Huang, K.-F. / Chang, Y.-K. / Weng, J.-H. / Royant, A. / Gad, W. / Pang, A.H. / Chang, C.-W. / Sugahara, M. / Owada, S. / Joti, Y. / Yamashita, A. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Luo, F.J. / Tono, K. / Kiontke, S. / Yamamoto, J. / Iwata, S. / Essen, L.-O. / Bessho, Y. / Tsai, M.-D. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Serial crystallography captures dynamic control of sequential electron and proton transfer events in a flavoenzyme. 著者: Maestre-Reyna, M. / Yang, C.H. / Nango, E. / Huang, W.C. / Ngurah Putu, E.P.G. / Wu, W.J. / Wang, P.H. / Franz-Badur, S. / Saft, M. / Emmerich, H.J. / Wu, H.Y. / Lee, C.C. / Huang, K.F. / ...著者: Maestre-Reyna, M. / Yang, C.H. / Nango, E. / Huang, W.C. / Ngurah Putu, E.P.G. / Wu, W.J. / Wang, P.H. / Franz-Badur, S. / Saft, M. / Emmerich, H.J. / Wu, H.Y. / Lee, C.C. / Huang, K.F. / Chang, Y.K. / Liao, J.H. / Weng, J.H. / Gad, W. / Chang, C.W. / Pang, A.H. / Sugahara, M. / Owada, S. / Hosokawa, Y. / Joti, Y. / Yamashita, A. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Luo, F. / Tono, K. / Hsu, K.C. / Kiontke, S. / Schapiro, I. / Spadaccini, R. / Royant, A. / Yamamoto, J. / Iwata, S. / Essen, L.O. / Bessho, Y. / Tsai, M.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 205.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 158.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7f8tC ![]() 7viwC ![]() 7vixC ![]() 7viyC ![]() 7vizC ![]() 7vj0C ![]() 7vj1C ![]() 7vj2C ![]() 7vj3C ![]() 7vj4C ![]() 7vj5C ![]() 7vj6C ![]() 7vj7C ![]() 7vj8C ![]() 7vj9C ![]() 7vjbC ![]() 7vjcC ![]() 7vjeC ![]() 7vjgC ![]() 7vjhC ![]() 7vjiC ![]() 7vjjC ![]() 7vjkC ![]() 6lmm C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55123.480 Da / 分子数: 1 / 変異: M377T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FAD / | #4: 化合物 | ChemComp-DTT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.3 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.5-0.65 M Li2SO4 10-15% (W/V) PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.24 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→42.6 Å / Num. obs: 34982 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 740.6 % / Biso Wilson estimate: 31.96 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.82 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Num. unique obs: 1711 / CC1/2: 0.559 |
Serial crystallography measurement | Focal spot size: 1.77 µm2 / Pulse duration: 10 fsec. / Pulse photon energy: 10 keV / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz |
Serial crystallography sample delivery | 解説: High viscosity injector / 手法: injection |
Serial crystallography sample delivery injection | Carrier solvent: grease / Filter size: 70 µm / Flow rate: 4.5 µL/min / Injector diameter: 100 µm / Injector nozzle: 100 / Injector temperature: 293 K / Jet diameter: 100 µm / Power by: gas |
Serial crystallography data reduction | Crystal hits: 27585 / Frames indexed: 19748 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6LMM ![]() 6lmm 解像度: 2.15→31.65 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→31.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 19.3812 Å / Origin y: 25.0021 Å / Origin z: 105.9585 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |