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万見
- PDB-7vi4: Electron crystallographic structure of TIA-1 prion-like domain, A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vi4
タイトルElectron crystallographic structure of TIA-1 prion-like domain, A381T mutant
要素TIA-1 prion-like domain
キーワードPROTEIN FIBRIL / ALS / prion / fibril
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytoplasmic stress granule / nuclear stress granule / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / poly(A) binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / FGFR2 alternative splicing / negative regulation of cytokine production / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly ...protein localization to cytoplasmic stress granule / nuclear stress granule / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / poly(A) binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / FGFR2 alternative splicing / negative regulation of cytokine production / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TIA-1, RNA recognition motif 1 / TIA-1, RNA recognition motif 2 / TIAR, RNA recognition motif 3 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Takaba, K. / Maki-Yonekura, S. / Sekiyama, N. / Imamura, K. / Kodama, T. / Tochio, H. / Yonekura, K.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19K06584 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR1762 日本
Japan Science and TechnologyJPMJMI20G5 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JPMXS0421700121 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: ALS mutations in the TIA-1 prion-like domain trigger highly condensed pathogenic structures.
著者: Naotaka Sekiyama / Kiyofumi Takaba / Saori Maki-Yonekura / Ken-Ichi Akagi / Yasuko Ohtani / Kayo Imamura / Tsuyoshi Terakawa / Keitaro Yamashita / Daigo Inaoka / Koji Yonekura / Takashi S ...著者: Naotaka Sekiyama / Kiyofumi Takaba / Saori Maki-Yonekura / Ken-Ichi Akagi / Yasuko Ohtani / Kayo Imamura / Tsuyoshi Terakawa / Keitaro Yamashita / Daigo Inaoka / Koji Yonekura / Takashi S Kodama / Hidehito Tochio /
要旨: T cell intracellular antigen-1 (TIA-1) plays a central role in stress granule (SG) formation by self-assembly via the prion-like domain (PLD). In the TIA-1 PLD, amino acid mutations associated with ...T cell intracellular antigen-1 (TIA-1) plays a central role in stress granule (SG) formation by self-assembly via the prion-like domain (PLD). In the TIA-1 PLD, amino acid mutations associated with neurodegenerative diseases, such as amyotrophic lateral sclerosis (ALS) or Welander distal myopathy (WDM), have been identified. However, how these mutations affect PLD self-assembly properties has remained elusive. In this study, we uncovered the implicit pathogenic structures caused by the mutations. NMR analysis indicated that the dynamic structures of the PLD are synergistically determined by the physicochemical properties of amino acids in units of five residues. Molecular dynamics simulations and three-dimensional electron crystallography, together with biochemical assays, revealed that the WDM mutation E384K attenuated the sticky properties, whereas the ALS mutations P362L and A381T enhanced the self-assembly by inducing β-sheet interactions and highly condensed assembly, respectively. These results suggest that the P362L and A381T mutations increase the likelihood of irreversible amyloid fibrillization after phase-separated droplet formation, and this process may lead to pathogenicity.
履歴
登録2021年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIA-1 prion-like domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,1741
ポリマ－1,1741
非ポリマー00
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.680, 9.630, 26.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.150, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TIA-1 prion-like domain / RNA-binding protein TIA-1 / T-cell-restricted intracellular antigen-1 / TIA-1 / p40-TIA-1


分子量: 1174.241 Da / 分子数: 1 / 変異: A381T / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31483
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Region 2 peptides (G377-A386) of TIA-1 prion-like domain, A381T
タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.2 Mammonium phosphate(NH4)2HPO41
240 %MPDC6H14O21
30.1 MHEPESC8H18N2O4S1
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 0.02 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
画像スキャンサンプリングサイズ: 6.5 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 20
EM回折カメラ長: 1060 mm
EM回折 シェル解像度: 0.95→15.1 Å / フーリエ空間範囲: 77.7 % / 多重度: 27 / 構造因子数: 3555 / 位相残差: 34.66 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 77.7 % / 再高解像度: 0.95 Å / 測定した強度の数: 95985 / 構造因子数: 3555 / 位相誤差の除外基準: None / Rmerge: 37.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 116.15 ° / ∠γ: 90 ° / A: 30.68 Å / B: 9.63 Å / C: 26.25 Å / 空間群名: C2 / 空間群番号: 5
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
精密化解像度: 0.95→15.147 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3073 356 10.07 %
Rwork0.2491 3181 -
obs0.2558 3537 77.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 31.27 Å2 / Biso mean: 6.7458 Å2 / Biso min: 0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.95→15.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数83 0 0 4 87
Biso mean---8.28 -
残基数----10
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.05984
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d3.442113
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.17211
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.05215
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d34.42430
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
0.9502-1.08760.37781160.2993103677
1.0876-1.37010.27571190.2511105778
1.3701-15.1470.29471210.2252108877

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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