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万見
- PDB-7vgu: Time-resolved serial femtosecond crystallography structure of lig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vgu
タイトルTime-resolved serial femtosecond crystallography structure of light-driven chloride ion-pumping rhodopsin, NM-R3 : structure obtained 1 msec after photoexcitation with bromide ion
要素Chloride pumping rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SACLA serial femtosecond crystallography CELL-FREE SYNTHESIS Bacterial type rhodopsin chloride ion pump rhodopsin
機能・相同性Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / membrane / BROMIDE ION / DECANE / HEXANE / RETINAL / Chloride pumping rhodopsin
機能・相同性情報
生物種Nonlabens marinus S1-08 (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hosaka, T. / Nango, E. / Nakane, T. / Luo, F. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Conformational alterations in unidirectional ion transport of a light-driven chloride pump revealed using X-ray free electron lasers.
著者: Hosaka, T. / Nomura, T. / Kubo, M. / Nakane, T. / Fangjia, L. / Sekine, S.I. / Ito, T. / Murayama, K. / Ihara, K. / Ehara, H. / Kashiwagi, K. / Katsura, K. / Akasaka, R. / Hisano, T. / ...著者: Hosaka, T. / Nomura, T. / Kubo, M. / Nakane, T. / Fangjia, L. / Sekine, S.I. / Ito, T. / Murayama, K. / Ihara, K. / Ehara, H. / Kashiwagi, K. / Katsura, K. / Akasaka, R. / Hisano, T. / Tanaka, T. / Tanaka, R. / Arima, T. / Yamashita, A. / Sugahara, M. / Naitow, H. / Matsuura, Y. / Yoshizawa, S. / Tono, K. / Owada, S. / Nureki, O. / Kimura-Someya, T. / Iwata, S. / Nango, E. / Shirouzu, M.
履歴
登録2021年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,00712
ポリマ－30,7111
非ポリマー1,29611
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area12340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.300, 51.100, 78.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chloride pumping rhodopsin


分子量: 30710.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nonlabens marinus S1-08 (バクテリア)
遺伝子: ClR, NMS_1267 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8VZW3

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非ポリマー , 5種, 66分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 38% PEG400, 300 mM K phosphate, and 100 mM HEPES (pH7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.7714 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7714 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.8 Å / Num. obs: 18261 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 363 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 929 / CC1/2: 0.918
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrystFEL0.6.3データ削減
CrystFEL0.6.3データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B2N

5b2n


解像度: 2.1→29.36 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2109 899 4.94 %
Rwork0.1821 17305 -
obs0.1835 18204 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 149.38 Å2 / Biso mean: 32.8699 Å2 / Biso min: 14.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2076 0 97 55 2228
Biso mean--46.18 41.65 -
残基数----265
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.230.25111400.20862866300699
2.23-2.40.20231630.176728282991100
2.4-2.650.2061610.172728593020100
2.65-3.030.20931410.175229003041100
3.03-3.810.19031430.172128893032100
3.81-29.360.22151510.190829633114100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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