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- PDB-7vgj: Cryo-EM structure of the human P4-type flippase ATP8B1-CDC50A in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vgj
タイトルCryo-EM structure of the human P4-type flippase ATP8B1-CDC50A in the auto-inhibited E2Pi-PS state
要素
  • Cell cycle control protein 50A
  • Phospholipid-transporting ATPase IC
キーワードTRANSLOCASE/LIPID TRANSPORT / auto-inhibited / phosphorylated / lipid flippase / LIPID TRANSPORT / TRANSLOCASE-LIPID TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


vestibulocochlear nerve formation / regulation of plasma membrane organization / regulation of microvillus assembly / positive regulation of phospholipid translocation / phosphatidylcholine flippase activity / aminophospholipid flippase activity / aminophospholipid transport / phosphatidylserine flippase activity / protein localization to endosome / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity ...vestibulocochlear nerve formation / regulation of plasma membrane organization / regulation of microvillus assembly / positive regulation of phospholipid translocation / phosphatidylcholine flippase activity / aminophospholipid flippase activity / aminophospholipid transport / phosphatidylserine flippase activity / protein localization to endosome / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / phosphatidylserine floppase activity / inner ear receptor cell development / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic transmembrane transport / stereocilium / bile acid metabolic process / cardiolipin binding / apical protein localization / P-type phospholipid transporter / phospholipid translocation / azurophil granule membrane / bile acid and bile salt transport / transport vesicle membrane / Golgi organization / Ion transport by P-type ATPases / specific granule membrane / regulation of chloride transport / sensory perception of sound / trans-Golgi network / positive regulation of neuron projection development / late endosome membrane / early endosome membrane / monoatomic ion transmembrane transport / nuclear body / apical plasma membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P5S / Phospholipid-transporting ATPase IC / Cell cycle control protein 50A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å
データ登録者Chen, M.T. / Chen, Y. / Chen, Z.P. / Zhou, C.Z. / Hou, W.T. / Chen, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508500 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020202 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural insights into the activation of autoinhibited human lipid flippase ATP8B1 upon substrate binding.
著者: Meng-Ting Cheng / Yu Chen / Zhi-Peng Chen / Xin Liu / Zhiyong Zhang / Yuxing Chen / Wen-Tao Hou / Cong-Zhao Zhou /
要旨: SignificanceATP8B1 is a P4 ATPase that maintains membrane asymmetry by transporting phospholipids across the cell membrane. Disturbance of lipid asymmetry will lead to the imbalance of the cell ...SignificanceATP8B1 is a P4 ATPase that maintains membrane asymmetry by transporting phospholipids across the cell membrane. Disturbance of lipid asymmetry will lead to the imbalance of the cell membrane and eventually, cell death. Thus, defects in ATP8B1 are usually associated with severe human diseases, such as intrahepatic cholestasis. The present structures of ATP8B1 complexed with its auxiliary noncatalytic partners CDC50A and CDC50B reveal an autoinhibited state of ATP8B1 that could be released upon substrate binding. Moreover, release of this autoinhibition could be facilitated by the bile acids, which are key factors that alter the membrane asymmetry of hepatocytes. This enabled us to figure out a feedback loop of bile acids and lipids across the cell membrane.
履歴
登録2021年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipid-transporting ATPase IC
B: Cell cycle control protein 50A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,0963
ポリマ－190,3042
非ポリマー7921
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6880 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area67920 Å2

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要素

#1: タンパク質 Phospholipid-transporting ATPase IC / ATPase class I type 8B member 1 / Familial intrahepatic cholestasis type 1 / P4-ATPase flippase ...ATPase class I type 8B member 1 / Familial intrahepatic cholestasis type 1 / P4-ATPase flippase complex alpha subunit ATP8B1


分子量: 148458.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP8B1, ATPIC, FIC1, PFIC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43520, P-type phospholipid transporter
#2: タンパク質 Cell cycle control protein 50A / P4-ATPase flippase complex beta subunit TMEM30A / Transmembrane protein 30A


分子量: 41845.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM30A, C6orf67, CDC50A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NV96
#3: 化合物 ChemComp-P5S / O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / phosphatidyl serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン


分子量: 792.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ATP8B1-CDC50A complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 粒子像の数: 160435 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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