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万見
- PDB-7vgg: Cryo-EM structure of Ultraviolet-B activated UVR8 in complex with COP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vgg
タイトルCryo-EM structure of Ultraviolet-B activated UVR8 in complex with COP1
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase COP1
  • Ultraviolet-B receptor UVR8
キーワードSIGNALING PROTEIN / COP1 / UVR8
機能・相同性
機能・相同性情報


skotomorphogenesis / anthocyanin-containing compound metabolic process / shade avoidance / positive regulation of flavonoid biosynthetic process / photoperiodism, flowering / red, far-red light phototransduction / regulation of stomatal movement / photomorphogenesis / nuclear ubiquitin ligase complex / entrainment of circadian clock ...skotomorphogenesis / anthocyanin-containing compound metabolic process / shade avoidance / positive regulation of flavonoid biosynthetic process / photoperiodism, flowering / red, far-red light phototransduction / regulation of stomatal movement / photomorphogenesis / nuclear ubiquitin ligase complex / entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / nuclear body / protein ubiquitination / DNA repair / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / : / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / RCC1-like domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) ...E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / : / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / RCC1-like domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / WD domain, G-beta repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / Ultraviolet-B receptor UVR8
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang, Y.D. / Wang, L.X. / Guan, Z.Y. / Yin, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2018YFA0507700 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural insight into UV-B-activated UVR8 bound to COP1.
著者: Yidong Wang / Lixia Wang / Zeyuan Guan / Hongfei Chang / Ling Ma / Cuicui Shen / Liang Qiu / Junjie Yan / Delin Zhang / Jian Li / Xing Wang Deng / Ping Yin /
要旨: The CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1-SUPPRESSOR OF PHYA-105 (COP1-SPA) complex is a central repressor of photomorphogenesis. This complex acts as an E3 ubiquitin ligase downstream of various light ...The CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 1-SUPPRESSOR OF PHYA-105 (COP1-SPA) complex is a central repressor of photomorphogenesis. This complex acts as an E3 ubiquitin ligase downstream of various light signaling transduced from multiple photoreceptors in plants. How the COP1-SPA activity is regulated by divergent light-signaling pathways remains largely elusive. Here, we reproduced the regulation pathway of COP1-SPA in ultraviolet-B (UV-B) signaling in vitro and determined the cryo-electron microscopy structure of UV-B receptor UVR8 in complex with COP1. The complex formation is mediated by two-interface interactions between UV-B-activated UVR8 and COP1. Both interfaces are essential for the competitive binding of UVR8 against the signaling hub component HY5 to the COP1-SPA complex. We also show that RUP2 dissociates UVR8 from the COP1-SPA4-UVR8 complex and facilitates its redimerization. Our results support a UV-B signaling model that the COP1-SPA activity is repressed by UV-B-activated UVR8 and derepressed by RUP2, owing to competitive binding, and provide a framework for studying the regulatory roles of distinct photoreceptors on photomorphogenesis.
履歴
登録2021年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年5月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年5月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年5月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年5月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年5月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年5月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32025年6月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase COP1
B: Ultraviolet-B receptor UVR8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,9582
ポリマ－129,9582
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2800 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area24240 Å2

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase COP1 / Constitutive photomorphogenesis protein 1 / RING-type E3 ubiquitin transferase COP1


分子量: 79731.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: COP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43254, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 Ultraviolet-B receptor UVR8 / Protein UV-B RESISTANCE 8 / RCC1 domain-containing protein UVR8


分子量: 50226.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: UVR8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9FN03
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1UVR8-COP1 complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2COP1COMPLEX#11RECOMBINANT
3UVR8COMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)3702
32Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)3702
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
11Homo sapien (ヒト)9606HEK293
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.55 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 170284 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0045394
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4847311
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.377733
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.046793
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003944

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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