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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vg5 | ||||||
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タイトル | 10,5-methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase from Methylobacterium extorquens AM1 with tetrahydrofolate | ||||||
要素 | Methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Methylobacterium extorquens AM1 / Tetrahydrofolate cycle / Formate assimilation / 5 / 10-Methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase | ||||||
機能・相同性 | Cyclodeaminase/cyclohydrolase / Formimidoyltransferase-cyclodeaminase-like superfamily / Formiminotransferase-cyclodeaminase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / one-carbon metabolic process / membrane => GO:0016020 / (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / Methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methylorubrum extorquens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, S. / Lee, S. / Kim, I.-K. / Seo, H. / Kim, K.-J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022 タイトル: Structural insight into a molecular mechanism of methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase from Methylobacterium extorquens AM1. 著者: Kim, S. / Lee, S.H. / Kim, I.K. / Seo, H. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vg5.cif.gz | 87.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vg5.ent.gz | 64.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vg5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vg5_validation.pdf.gz | 999.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vg5_full_validation.pdf.gz | 1001.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7vg5_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vg5_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/7vg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/7vg5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vg4C 1o5hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22816.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア) 株: ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1 / 遺伝子: fchA, MexAM1_META1p1729 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q49135, methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, magnesium chloride hexahydrate, BIS-TRIS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 18336 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 5.334 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 54337 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1O5H 解像度: 2.25→31.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 7.108 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.87 Å2 / Biso mean: 33.91 Å2 / Biso min: 16.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.25→31.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.254→2.313 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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