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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vg4 | ||||||
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タイトル | 10,5-methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase from Methylobacterium extorquens AM1 strain | ||||||
![]() | Methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Methylobacterium extorquens AM1 / Tetrahydrofolate cycle / Formate assimilation / 5 / 10-Methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase | ||||||
機能・相同性 | Cyclodeaminase/cyclohydrolase / Formimidoyltransferase-cyclodeaminase-like superfamily / Formiminotransferase-cyclodeaminase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / one-carbon metabolic process / membrane => GO:0016020 / Methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, S. / Lee, S. / Kim, I.-K. / Seo, H. / Kim, K.-J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insight into a molecular mechanism of methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase from Methylobacterium extorquens AM1. 著者: Kim, S. / Lee, S.H. / Kim, I.K. / Seo, H. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 223 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 479.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vg5C ![]() 1o5hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22816.965 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1 / 遺伝子: fchA, MexAM1_META1p1729 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q49135, methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Tacsimate, Sodium acetate trihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月28日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 28658 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 2.831 / Net I/σ(I): 13.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1O5H 解像度: 2.77→30.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 20.535 / SU ML: 0.394 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.467 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 125.83 Å2 / Biso mean: 52.788 Å2 / Biso min: 20.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.77→30.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.773→2.845 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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