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- PDB-7vf7: Crystal Structure of HasAp with Co-octaethylporphyrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vf7
タイトルCrystal Structure of HasAp with Co-octaethylporphyrin
要素Heme acquisition protein HasAp
キーワードMETAL TRANSPORT / Heme acquisition protein
機能・相同性Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / metal ion binding / Co-octaethylporphyrin / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Heme acquisition protein HasAp
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Takiguchi, A. / Sakakibara, E. / Sugimoto, H. / Shoji, O. / Shinokubo, H.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP17H01190 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP19KK0138 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)17H05896 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)18H02396 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP18H02084 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20J11437 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21J15614 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of HasAp with Co-octaethylporphyrin
著者: Takiguchi, A. / Sakakibara, E. / Sugimoto, H. / Shoji, O. / Shinokubo, H.
履歴
登録2021年9月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme acquisition protein HasAp
B: Heme acquisition protein HasAp
C: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6788
ポリマ－56,7053
非ポリマー1,9735
水8,953497
1
A: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6914
ポリマ－18,9021
非ポリマー7903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4932
ポリマ－18,9021
非ポリマー5921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Heme acquisition protein HasAp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4932
ポリマ－18,9021
非ポリマー5921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.280, 76.120, 168.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Heme acquisition protein HasAp


分子量: 18901.535 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP Residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: hasAp, PA3407 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD33
#2: 化合物 ChemComp-6KI / Co-octaethylporphyrin


分子量: 591.695 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H44CoN4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30% PEG 8000, 100mM sodium acetate/acetic acid (pH 4.5), 200mM lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月9日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→45.26 Å / Num. obs: 131672 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.721 % / Biso Wilson estimate: 26.49 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.813 / Net I/σ(I): 15.59 / Num. measured all: 3781691 / Scaling rejects: 747
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.35-1.3927.3224.5341.25262618961396120.5044.618100
1.39-1.4227.9083.3081.62261555937293720.6273.368100
1.42-1.4629.2922.5072.2267938914891470.752.55100
1.46-1.5128.9881.7483.06257009886788660.8511.778100
1.51-1.5628.4151.3034.03244848861786170.9091.326100
1.56-1.6127.8460.9785.16231989833183310.9460.996100
1.61-1.6728.1940.7216.86226571803680360.9660.734100
1.67-1.7429.8120.5419.1231429776477630.9820.551100
1.74-1.8229.5610.38611.92220820747074700.990.393100
1.82-1.9129.1210.27415.51207486712671250.9950.278100
1.91-2.0128.1840.1919.9192131681768170.9970.194100
2.01-2.1328.6880.14624.61184092641664170.9980.149100
2.13-2.2830.4670.12128.91184660606160610.9980.123100
2.28-2.4629.970.10631.69170438568756870.9990.108100
2.46-2.728.480.09434.47148977523152310.9980.095100
2.7-3.0228.1580.08338.3133498474147410.9990.085100
3.02-3.4929.7510.07243.88125848423042300.9990.073100
3.49-4.2729.3890.06446.88106623362836280.9990.065100
4.27-6.0427.1030.06145.9576864283628360.9990.062100
6.04-45.2627.4760.0646.2146297169216850.9980.06199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.594
最高解像度最低解像度
Rotation45.22 Å1.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ELL

3ell


解像度: 1.35→45.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.819 / SU ML: 0.032 / SU R Cruickshank DPI: 0.0478 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1621 6525 5 %RANDOM
Rwork0.1375 ---
obs0.1388 125044 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.03 Å2 / Biso mean: 23.63 Å2 / Biso min: 10.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.38 Å2-0 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→45.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3984 0 218 497 4699
Biso mean--20.83 37.79 -
残基数----549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134779
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0184146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.6986641
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5011.6529599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3665644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.08924.526190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.04715619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.905158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021047
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.07738925
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 511 -
Rwork0.301 9098 -
all-9609 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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