+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vf7 | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal Structure of HasAp with Co-octaethylporphyrin | ||||||||||||||||||||||||
Components | Heme acquisition protein HasAp | ||||||||||||||||||||||||
Keywords | METAL TRANSPORT / Heme acquisition protein | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / metal ion binding / Co-octaethylporphyrin / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Heme acquisition protein HasAp Function and homology information | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (bacteria) | ||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||
Authors | Takiguchi, A. / Sakakibara, E. / Sugimoto, H. / Shoji, O. / Shinokubo, H. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | Japan, 7items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of HasAp with Co-octaethylporphyrin Authors: Takiguchi, A. / Sakakibara, E. / Sugimoto, H. / Shoji, O. / Shinokubo, H. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7vf7.cif.gz | 258.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7vf7.ent.gz | 209.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7vf7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/7vf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/7vf7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3ellS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18901.535 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP Residues 1-184 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa str. PAO1 (bacteria) Gene: hasAp, PA3407 / Plasmid: pQE30 / Production host: Escherichia coli M15 (bacteria) / References: UniProt: G3XD33 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 30% PEG 8000, 100mM sodium acetate/acetic acid (pH 4.5), 200mM lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL45XU / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 9, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.35→45.26 Å / Num. obs: 131672 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 28.721 % / Biso Wilson estimate: 26.49 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 0.813 / Net I/σ(I): 15.59 / Num. measured all: 3781691 / Scaling rejects: 747 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.594
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ELL Resolution: 1.35→45.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.819 / SU ML: 0.032 / SU R Cruickshank DPI: 0.0478 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.045 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.03 Å2 / Biso mean: 23.63 Å2 / Biso min: 10.19 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.35→45.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.35→1.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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