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- PDB-7vf6: The crystal structure of PurZ0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vf6
タイトルThe crystal structure of PurZ0
要素PurA-like adenylosuccinate synthetase
キーワードLIGASE / PurA-like adenylosuccinate synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-2'-deoxyadenylo-succinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / purine nucleotide biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
N6-succino-2-amino-2'-deoxyadenylate synthase / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase, domain 1 / Adenylosuccinate synthetase / Adenylosuccinate synthetase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / N6-succino-2-amino-2'-deoxyadenylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Gordonia phage Archimedes (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.703 Å
データ登録者Tong, Y. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31870049 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: Alternative Z-genome biosynthesis pathway shows evolutionary progression from Archaea to phage.
著者: Tong, Y. / Wu, X. / Liu, Y. / Chen, H. / Zhou, Y. / Jiang, L. / Li, M. / Zhao, S. / Zhang, Y.
履歴
登録2021年9月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PurA-like adenylosuccinate synthetase
B: PurA-like adenylosuccinate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,52911
ポリマ－80,9782
非ポリマー1,5519
水10,575587
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7730 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.534, 111.534, 58.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PurA-like adenylosuccinate synthetase


分子量: 40489.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gordonia phage Archimedes (ファージ)
遺伝子: 50, SEA_ARCHIMEDES_50 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7L7SI10

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非ポリマー , 5種, 596分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.26M ammonium sulfate, 0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, 5mM GTP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 78554 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 12.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 427033
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.735.30.78239400.6980.3780.8690.822100
1.73-1.765.30.66238640.7630.320.7360.854100
1.76-1.795.10.58239290.7910.290.6520.901100
1.79-1.8350.51639000.830.2580.5790.975100
1.83-1.875.50.45138960.8830.2120.4990.975100
1.87-1.915.60.438980.9030.1860.4421.009100
1.91-1.965.60.34139210.9260.1590.3760.981100
1.96-2.025.50.28439180.9430.1330.3140.984100
2.02-2.075.40.24538820.9530.1160.2721.021100
2.07-2.145.20.2139180.960.1020.2341.012100
2.14-2.225.10.19539040.9570.0960.2181.047100
2.22-2.315.70.18539370.9690.0850.2041.126100
2.31-2.415.70.15839270.9730.0730.1741.006100
2.41-2.545.60.14739140.9770.0680.1620.99100
2.54-2.75.50.13339030.980.0620.1480.963100
2.7-2.915.20.11939510.9780.0580.1330.923100
2.91-3.25.80.10839460.9850.0490.1190.842100
3.2-3.665.70.09539630.9870.0440.1050.784100
3.66-4.615.30.08339680.9890.040.0920.647100
4.61-505.50.07840750.9910.0360.0860.55499.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Phyre2 prediction structure

解像度: 1.703→37.895 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 1962 2.7 %
Rwork0.1708 70611 -
obs0.1718 72573 92.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 61.84 Å2 / Biso mean: 15.595 Å2 / Biso min: 3.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.703→37.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5606 0 124 587 6317
Biso mean--17.93 22.74 -
残基数----732
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.703-1.74520.26191030.2148386271
1.7452-1.79240.28381140.2026403874
1.7924-1.84510.24961150.1927421678
1.8451-1.90470.23311360.1898480188
1.9047-1.97270.26361450.1913512094
1.9727-2.05170.2351450.1812527597
2.0517-2.14510.22111480.1664527197
2.1451-2.25820.2611490.1719532998
2.2582-2.39960.21451480.1638536698
2.3996-2.58490.19461480.1688537899
2.5849-2.84490.20441520.1753541499
2.8449-3.25640.19111530.17015445100
3.2564-4.10190.16921520.15195514100
4.1019-37.8950.18181540.1626558299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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