PDB-7vew: Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-bindin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vew

タイトル

Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-binding protein SPH1118 in complex with unsaturated trigalacturonic acid

要素

SPH1118

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / pectin-binding protein / chemotaxis / gram-negative bacteria

機能・相同性

Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Roll / Alpha Beta / L(+)-TARTARIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Sphingomonas sp. A1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanebe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Substrate size-dependent conformational changes of bacterial pectin-binding protein crucial for chemotaxis and assimilation.
著者: Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanabe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W.

履歴

登録	2021年9月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vew.cif.gz	270.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vew.ent.gz	208.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vew_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vew_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7vew_validation.xml.gz	48.9 KB	表示
CIF形式データ	7vew_validation.cif.gz	68.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7vew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7vew	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7veqC 7verC 7vetC 7veuC 7vevSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SPH1118

B: SPH1118

ヘテロ分子

142 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SPH1118

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
71 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SPH1118

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.687, 83.657, 148.521
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.036, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

SPH1118

分子量: 70050.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Sphingomonas sp. A1 (バクテリア)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#2: 多糖

2,6-anhydro-3-deoxy-L-threo-hex-2-enonic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 512.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 488分子

#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 22% PEG3000 0.15 M Potassium sodium tartrate 0.1 M HEPES 23.4 mM Unsaturated trigalacturonic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.6 Å / Num. obs: 108404 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.77 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.9→2.02 Å / R_merge(I) obs: 0.645 / Num. unique obs: 17122

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VEV

7vev

解像度: 1.92→48.591 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	5288	5 %
R_work	0.2096	100473	-
all	0.211	-	-
obs	-	105761	99.894 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.749 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.528 Å²	0 Å²	1.119 Å²
2-	-	-3.394 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.389 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→48.591 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9692	0	152	479	10323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	10103
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	9535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.73	1.658	13716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.211	1.586	21989
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.282	5	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.885	22.788	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.902	15	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.681	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	11364
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	9324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4721
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.097	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.165	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.373	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.084	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.966	3.626	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.963	3.626	4879
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.402	5.423	6100
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.405	5.423	6101
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.757	3.756	5223
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.756	3.756	5223
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.509	5.543	7616
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.509	5.542	7617
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.75	41.992	11485
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.752	41.929	11414

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.92-1.97	0.355	385	0.337	7307	0.338	7696	0.517	0.519	99.948	0.318
1.97-2.024	0.302	379	0.292	7209	0.293	7590	0.614	0.594	99.9736	0.266
2.024-2.082	0.31	370	0.27	7033	0.272	7407	0.612	0.647	99.946	0.237
2.082-2.146	0.307	361	0.254	6848	0.257	7212	0.716	0.736	99.9584	0.221
2.146-2.216	0.287	347	0.233	6597	0.236	6946	0.816	0.831	99.9712	0.203
2.216-2.294	0.261	335	0.231	6366	0.232	6707	0.835	0.847	99.9105	0.201
2.294-2.38	0.265	325	0.22	6173	0.222	6499	0.878	0.887	99.9846	0.193
2.38-2.477	0.265	313	0.215	5949	0.217	6264	0.889	0.904	99.9681	0.191
2.477-2.587	0.238	298	0.209	5667	0.21	5967	0.911	0.918	99.9665	0.188
2.587-2.713	0.261	287	0.213	5440	0.215	5735	0.916	0.926	99.8605	0.194
2.713-2.859	0.247	275	0.218	5234	0.22	5510	0.909	0.922	99.9818	0.203
2.859-3.032	0.228	259	0.214	4915	0.215	5176	0.933	0.931	99.9614	0.205
3.032-3.241	0.255	243	0.226	4619	0.228	4866	0.914	0.919	99.9178	0.222
3.241-3.499	0.23	226	0.22	4296	0.22	4530	0.932	0.932	99.8234	0.221
3.499-3.831	0.228	208	0.202	3958	0.203	4187	0.943	0.947	99.4984	0.208
3.831-4.28	0.187	189	0.172	3584	0.173	3776	0.962	0.965	99.9206	0.187
4.28-4.936	0.164	168	0.154	3188	0.155	3364	0.97	0.968	99.7622	0.181
4.936-6.029	0.206	143	0.18	2712	0.181	2859	0.954	0.957	99.8601	0.206
6.029-8.462	0.172	112	0.186	2128	0.186	2244	0.966	0.959	99.8217	0.223
8.462-48.591	0.189	64	0.177	1216	0.177	1294	0.958	0.956	98.9181	0.218

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