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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vet | ||||||
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タイトル | Crystal structure of bacterial chemotaxis-dependent pectin-binding protein SPH1118 in a closed conformation | ||||||
![]() | SPH1118 | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / pectin-binding protein / chemotaxis / gram-negative bacteria | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanebe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Substrate size-dependent conformational changes of bacterial pectin-binding protein crucial for chemotaxis and assimilation. 著者: Anamizu, K. / Takase, R. / Hio, M. / Watanabe, D. / Mikami, B. / Hashimoto, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 250.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 199.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70050.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% PEG3350 0.2 M Ammonium formate 0.0209 mM Polygalacturonic acid sodium |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→48.2 Å / Num. obs: 53456 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.12 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.109 / Num. unique obs: 8527 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7VEV 解像度: 2.25→43.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.456 / ESU R Free: 0.257 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.387 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→43.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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