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- PDB-7vef: The structure of GfsA KSQ-AT didomain in complex with a malonate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vef
タイトルThe structure of GfsA KSQ-AT didomain in complex with a malonate substrate analog
要素Polyketide synthase
キーワードTRANSFERASE / Decarboxylase / Thiolase fold / Polyketide biosynthesis / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性N-(2-acetamidoethyl)-2-nitro-ethanamide
機能・相同性情報
生物種Streptomyces graminofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Chisuga, T. / Miyanaga, A. / Nagai, A. / Kudo, F. / Eguchi, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02911 日本
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural Insight into the Reaction Mechanism of Ketosynthase-Like Decarboxylase in a Loading Module of Modular Polyketide Synthases.
著者: Chisuga, T. / Nagai, A. / Miyanaga, A. / Goto, E. / Kishikawa, K. / Kudo, F. / Eguchi, T.
履歴
登録2021年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8143
ポリマ－95,5331
非ポリマー2812
水48627
1
A: Polyketide synthase
ヘテロ分子

A: Polyketide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,6286
ポリマ－191,0652
非ポリマー5634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area56720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)230.580, 230.580, 118.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1116-

HOH

21A-1127-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Polyketide synthase


分子量: 95532.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces graminofaciens (バクテリア)
遺伝子: gfsA / プラスミド: pCold III / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-6IU / N-(2-acetamidoethyl)-2-nitro-ethanamide


分子量: 189.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: sodium malonate, glycerol, sodium chloride, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月29日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 34710 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5006 / CC1/2: 0.857 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7VEE

7vee


解像度: 2.65→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 31.087 / SU ML: 0.274 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.464 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1805 5.2 %RANDOM
Rwork0.2001 ---
obs0.203 32900 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.68 Å2 / Biso mean: 75.738 Å2 / Biso min: 39.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.83 Å2-1.42 Å20 Å2
2---2.83 Å20 Å2
3---9.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6090 0 19 27 6136
Biso mean--83.38 53.78 -
残基数----828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0136220
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0175896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3821.6298452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1881.57213521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4695820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.50219.748318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.98315919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8691564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021402
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 140 -
Rwork0.38 2422 -
all-2562 -
obs--98.92 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -61.745 Å / Origin y: 33.905 Å / Origin z: 1.196 Å
111213212223313233
T0.0304 Å20.0199 Å20.0079 Å2-0.0556 Å20.0467 Å2--0.2484 Å2
L0.0715 °2-0.054 °2-0.0134 °2-0.4018 °20.2802 °2--0.2185 °2
S-0.0165 Å °-0.033 Å °-0.0051 Å °-0.0789 Å °0.0271 Å °0.0689 Å °-0.0703 Å °-0.0022 Å °-0.0106 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 919
2X-RAY DIFFRACTION1A1001 - 1002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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