PDB-7ve7: Crystal structure of KRED mutant-F147L/L153Q/Y190P/L199A/M205F/M206F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ve7

タイトル

Crystal structure of KRED mutant-F147L/L153Q/Y190P/L199A/M205F/M206F

要素

3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ketoreductases / NADPH-dependent / Enantioselectivity

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus kefiri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72000696882 Å

データ登録者

Cui, J. / Huang, X. / Wang, B. / Zhao, H. / Zhou, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Catal / 年: 2022
タイトル: Photoinduced chemomimetic biocatalysis for enantioselective intermolecular radical conjugate addition
著者: Huang, X. / Feng, J. / Cui, J. / Jiang, G. / Harrison, W. / Zang, X. / Zhou, J. / Wang, B. / Zhao, H.

履歴

登録	2021年9月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ve7.cif.gz	480.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ve7.ent.gz	332.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ve7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ve7_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ve7_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7ve7_validation.xml.gz	41 KB	表示
CIF形式データ	7ve7_validation.cif.gz	56.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7ve7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7ve7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ejhC 7ejiC 7ejjC 7vdoC 4rf2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase

B: 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase

C: 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase

D: 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase

ヘテロ分子

110 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, It was already revealed that KRED are tetramers(pdb:4rf2). The sequence homology between P2-D12-2a and KRED in their paper are higher than 90%.

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.310, 55.570, 128.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.890, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase / SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase 分子量: 26773.164 Da / 分子数: 4 / 変異: F147L,L153Q,Y190P,L199A,M205F,M206F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus kefiri (バクテリア) 遺伝子: adhR, fabG3, DNL43_05835, LKE01_04370 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q6WVP7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.19 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG3350, 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→23.84 Å / Num. obs: 93405 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.5105622665 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.72→1.76 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.018 / Num. unique obs: 6873 / CC_1/2: 0.836 / R_pim(I) all: 0.413 / R_rim(I) all: 1.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RF2

4rf2

解像度: 1.72000696882→21.3270754494 Å / SU ML: 0.192447001479 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34760516911 / 位相誤差: 24.5983880853
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.209694417468	4703	5.03970252575 %
R_work	0.173649289	88616	-
obs	0.175432672799	93319	99.6359171471 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.1814740486 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72000696882→21.3270754494 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7414	0	194	372	7980

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00534929882069	7752
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.912941916786	10547
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058468453399	1216
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00466128447459	1350
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.2759534744	4937

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.720007-1.7395	0.35462306314	144	0.309845759105	2979	X-RAY DIFFRACTION	99.8401534527
1.7395-1.76	0.345935563677	178	0.291397737757	2911	X-RAY DIFFRACTION	99.8383968972
1.76-1.7815	0.309177037695	162	0.288683155745	2928	X-RAY DIFFRACTION	99.6774193548
1.7815-1.804	0.256655460178	159	0.265010311486	2912	X-RAY DIFFRACTION	99.6754300552
1.804-1.8277	0.291193324465	148	0.239280750002	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8277-1.8527	0.267801765181	149	0.246352855346	2975	X-RAY DIFFRACTION	99.968
1.8527-1.8792	0.278018503076	141	0.233098265129	2942	X-RAY DIFFRACTION	99.8380829016
1.8792-1.9072	0.228987588373	146	0.218098649218	2966	X-RAY DIFFRACTION	99.8075689545
1.9072-1.937	0.220203650706	150	0.220902395409	2917	X-RAY DIFFRACTION	99.7398373984
1.937-1.9687	0.248238129679	179	0.20318657617	2941	X-RAY DIFFRACTION	99.935938501
1.9687-2.0027	0.259101346122	167	0.199785498292	2962	X-RAY DIFFRACTION	99.8404594767
2.0027-2.0391	0.23955190389	157	0.196036228587	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.7408487204
2.0391-2.0782	0.249583347557	127	0.197838772718	2961	X-RAY DIFFRACTION	99.8706338939
2.0782-2.1206	0.198340850656	158	0.180195364203	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1206-2.1667	0.208348402193	177	0.179126177028	2889	X-RAY DIFFRACTION	99.9348109518
2.1667-2.217	0.20305092264	147	0.169107167015	2972	X-RAY DIFFRACTION	99.6485623003
2.217-2.2724	0.201062954485	156	0.173188863443	2925	X-RAY DIFFRACTION	99.6764801035
2.2724-2.3338	0.219860177365	158	0.174334469701	3008	X-RAY DIFFRACTION	99.8738170347
2.3338-2.4024	0.205147273855	165	0.165951639104	2937	X-RAY DIFFRACTION	99.8390730608
2.4024-2.4798	0.216807132967	156	0.178307180904	2914	X-RAY DIFFRACTION	99.8698763826
2.4798-2.5683	0.207886234116	165	0.180002999704	2969	X-RAY DIFFRACTION	99.7136493796
2.5683-2.6709	0.215829163517	149	0.180134731472	2953	X-RAY DIFFRACTION	99.7748472178
2.6709-2.7923	0.223054140541	159	0.189288752175	2983	X-RAY DIFFRACTION	99.2733017378
2.7923-2.9391	0.223721333626	157	0.183171210401	2934	X-RAY DIFFRACTION	99.3890675241
2.9391-3.1227	0.209965365815	175	0.18854296871	2926	X-RAY DIFFRACTION	99.4228919525
3.1227-3.363	0.245891009439	143	0.171990158342	2961	X-RAY DIFFRACTION	99.4871794872
3.363-3.6998	0.186717638071	159	0.153873227082	2994	X-RAY DIFFRACTION	99.0574929312
3.6998-4.2316	0.1823326545	158	0.145482748975	2946	X-RAY DIFFRACTION	98.8535031847
4.2316-5.3176	0.174424276831	174	0.141220798018	2993	X-RAY DIFFRACTION	99.5285983658
5.3176-21.3	0.198360969032	140	0.164558919453	3068	X-RAY DIFFRACTION	98.1940618304

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 30.8350315932 Å / Origin y: -31.6108450183 Å / Origin z: 31.0434383873 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.191689551857 Å²	-0.0204709441846 Å²	-0.0224162348247 Å²	-	0.175091424909 Å²	0.00105044069686 Å²	-	-	0.213165875631 Å²
L	1.08182630806 °²	-0.0218818003386 °²	-0.604342815628 °²	-	1.4166475292 °²	-0.136316732208 °²	-	-	1.90601210293 °²
S	0.0333578252224 Å °	0.00713645077027 Å °	-0.0230439169052 Å °	-0.0462023147831 Å °	-0.0567266628262 Å °	-0.0885509638302 Å °	-0.0161225574775 Å °	0.150738988522 Å °	0.0184571529957 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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