PDB-7ve2: Crystal Structure of Lopinavir bound Plasmepsin II (PMII) from Pl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ve2

タイトル

Crystal Structure of Lopinavir bound Plasmepsin II (PMII) from Plasmodium falciparum

要素

Plasmepsin II

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Protease / Peptidomimetic / HIV-1 protease inhibitor / peptidase / hemoglobin degrader

機能・相同性

機能・相同性情報

hemoglobin catabolic process / cytostome / plasmepsin II / MHC class II antigen presentation / vacuolar lumen / food vacuole / Neutrophil degranulation / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Mishra, V. / Rathore, I. / Bhaumik, P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Inhibition of Plasmodium falciparum plasmepsins by drugs targeting HIV-1 protease: A way forward for antimalarial drug discovery.
著者: Mishra, V. / Deshmukh, A. / Rathore, I. / Chakraborty, S. / Patankar, S. / Gustchina, A. / Wlodawer, A. / Yada, R.Y. / Bhaumik, P.

履歴

登録	2021年9月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ve2.cif.gz	154.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ve2.ent.gz	121.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ve2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ve2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ve2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7ve2_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	7ve2_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7ve2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7ve2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ve0C 5yicS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Plasmepsin II

ヘテロ分子

39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.940, 108.940, 70.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Plasmepsin II 分子量: 37113.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1408000 / プラスミド: pET32b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8I6V3, plasmepsin II
#2: 化合物	ChemComp-AB1 / N-{1-BENZYL-4-[2-(2,6-DIMETHYL-PHENOXY)-ACETYLAMINO]-3-HYDROXY-5-PHENYL-PENTYL}-3-METHYL-2-(2-OXO-TETRAHYDRO-PYRIMIDIN-1-YL)-BUTYRAMIDE / ABT-378 / LOPINAVIR / ロピナビル分子量: 628.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₄₈N₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: 抗レトロウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS 分子量: 614.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₅₈N₂O₇S / コメント: 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.4 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→38.52 Å / Num. obs: 6877 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.54 % / B_iso Wilson estimate: 87.22 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.95
反射シェル	解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 7.57 % / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 602 / CC_1/2: 0.37 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YIC

5yic

解像度: 3.2→38.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 83.027 / SU ML: 0.637 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.561 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26617	344	5 %	RANDOM
R_work	0.22459	-	-	-
obs	0.2268	6531	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 127.423 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.26 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-10.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.2→38.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2606	0	130	0	2736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	2813
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.641	3847
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.1	1.573	6082
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.262	5	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.217	24.504	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.908	15	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.205	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3096
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	614
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.37	4.995	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.37	4.994	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.423	7.488	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.423	7.489	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.526	5.774	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.522	5.751	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.724	8.64	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.984	98.479	11258
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.985	98.494	11259
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.424	24	-
R_work	0.368	455	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -32.853 Å / Origin y: -13.005 Å / Origin z: 13.987 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0423 Å²	-0.1485 Å²	-0.0473 Å²	-	0.5863 Å²	0.1322 Å²	-	-	1.344 Å²
L	4.8121 °²	3.6665 °²	0.8592 °²	-	5.4686 °²	0.3776 °²	-	-	2.9266 °²
S	-0.0028 Å °	-0.5038 Å °	0.5395 Å °	-0.1372 Å °	-0.0022 Å °	1.2695 Å °	0.3161 Å °	-1.2567 Å °	0.005 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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