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- PDB-7vdo: Crystal structure of KRED F147L/L153Q/Y190P variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vdo
タイトルCrystal structure of KRED F147L/L153Q/Y190P variant
要素3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ketoreductases / NADPH-dependent / Enantioselectivity
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADP-dependent (R)-specific alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus kefiri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.855715608 Å
データ登録者Cui, J. / Huang, X. / Wang, B. / Zhao, H. / Zhou, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2022
タイトル: Photoinduced chemomimetic biocatalysis for enantioselective intermolecular radical conjugate addition
著者: Huang, X. / Feng, J. / Cui, J. / Jiang, G. / Harrison, W. / Zang, X. / Zhou, J. / Wang, B. / Zhao, H.
履歴
登録2021年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase
A: 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase
B: 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase
C: 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,01919
ポリマ－106,9054
非ポリマー3,11415
水13,241735
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, It was already revealed that KRED are tetramers(pdb:4rf2). The sequence homology between P2-D12-2a and KRED in their paper are higher than 90%.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19990 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area29960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.610, 55.440, 128.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.940, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-539-

HOH

21D-581-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 DABC

#1: タンパク質
3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase / SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase


分子量: 26726.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus kefiri (バクテリア)
遺伝子: adhR, fabG3, DNL43_05835, LKE01_04370
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q6WVP7

-
非ポリマー , 6種, 750分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97913 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.855→61.93 Å / Num. obs: 73460 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 24.5825724457 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.855→1.9 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 5113 / CC1/2: 0.822 / Rpim(I) all: 0.265 / Rrim(I) all: 0.574 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RF2

4rf2


解像度: 1.855715608→31.9017853489 Å / SU ML: 0.22407996231 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34351255351 / 位相誤差: 21.3030434001
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198109482186 2000 2.7232373846 %
Rwork0.157938085445 71442 -
obs0.159038385072 73442 98.7468739075 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.0898997739 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.855715608→31.9017853489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7399 0 197 735 8331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00624255723797774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95060303229910557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05790751803971221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004716983833861352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.294364905246202
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.856-1.90210.3252723203881340.2232655872084777X-RAY DIFFRACTION93.0466085638
1.9021-1.95350.2950308306171420.2122723957685071X-RAY DIFFRACTION98.8246445498
1.9535-2.0110.2433252869941410.1899448505255043X-RAY DIFFRACTION98.6676817663
2.011-2.07590.2278361871171390.1819312612994958X-RAY DIFFRACTION96.4975388111
2.0759-2.15010.2265941532551430.1661217460575133X-RAY DIFFRACTION99.7730711044
2.1501-2.23620.2333860864771440.1683203746085143X-RAY DIFFRACTION99.7547169811
2.2362-2.33790.2470036921531430.1685407437485107X-RAY DIFFRACTION99.4883456509
2.3379-2.46110.2096127449961440.161778647195139X-RAY DIFFRACTION99.9243427274
2.4611-2.61520.22749104421440.1728585597025152X-RAY DIFFRACTION99.7551327934
2.6152-2.81710.2261292344331430.1682651232025130X-RAY DIFFRACTION99.5093413852
2.8171-3.10030.1974021982471450.1674078748655159X-RAY DIFFRACTION99.6056338028
3.1003-3.54850.1943798139671440.1504515080875153X-RAY DIFFRACTION99.4928625094
3.5485-4.46870.161259909681450.1309614079375185X-RAY DIFFRACTION99.2921013413
4.4687-31.90.1445114054111490.1399320925915292X-RAY DIFFRACTION98.855377907

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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