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万見
- PDB-7vd4: Crystal structure of BPTF-BRD with ligand TP248 bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vd4
タイトルCrystal structure of BPTF-BRD with ligand TP248 bound
要素Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
キーワードANTITUMOR PROTEIN / BPTF Bromodomain / Lysine acetylation / small-molecule inhibitor / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


NURF complex / methylated histone binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain ...Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6FI / Bromodomain PHD finger transcription factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85659146555 Å
データ登録者Lu, T. / Lu, H.B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of a highly potent CECR2 bromodomain inhibitor with 7H-pyrrolo[2,3-d] pyrimidine scaffold.
著者: Lu, H. / Lu, T. / Zu, S. / Duan, Z. / Guang, Y. / Li, Q. / Ma, J. / Chen, D. / Li, B. / Lu, W. / Jiang, H. / Luo, C. / Ye, D. / Chen, K. / Lin, H.
履歴
登録2021年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7512
ポリマ－13,3861
非ポリマー3641
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6720 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)111.923, 27.219, 38.727
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.031, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF


分子量: 13386.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BPTF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QQQ8
#2: 化合物 ChemComp-6FI / 6-[4-[3-(dimethylamino)propoxy]phenyl]-N-methyl-2-methylsulfonyl-pyrimidin-4-amine


分子量: 364.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24N4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 9679 / % possible obs: 96.37 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.897 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.128 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 97.7
反射 シェル解像度: 1.858→1.925 Å / Rmerge(I) obs: 0.456 / Num. unique obs: 840 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.209 / Rrim(I) all: 0.512 / Rsym value: 0.209

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-3000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QZT

3qzt


解像度: 1.85659146555→24.1139720626 Å / SU ML: 0.197206659844 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36344065761 / 位相誤差: 37.5725600949
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24635789781 465 4.81316633889 %
Rwork0.205881942559 9196 -
obs0.208045391853 9661 96.2155163828 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.5877722999 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85659146555→24.1139720626 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数915 0 25 53 993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00903290312713977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9612654935611331
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0475600790557136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00482106183416172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6946764295591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8566-2.12510.3129680059771290.2423127395642921X-RAY DIFFRACTION92.789777913
2.1251-2.67690.3120108531961650.23125604313115X-RAY DIFFRACTION98.5873159002
2.6769-100.2135203309311710.1899098303663160X-RAY DIFFRACTION97.1987160782

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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