PDB-7vcl: structure of viral protein BKRF4 in complex with H2A-H2B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vcl

タイトル

structure of viral protein BKRF4 in complex with H2A-H2B

要素

Tegument protein BKRF4
histone H2A-H2B

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / H2A-H2B / H3-H4 / histone / Viral protein / nucleosome

機能・相同性

viral tegument / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell nucleus / Tegument protein BKRF4

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Liu, Y.R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Epstein-Barr Virus Tegument Protein BKRF4 is a Histone Chaperone.
著者: Liu, Y. / Li, Y. / Bao, H. / Liu, Y. / Chen, L. / Huang, H.

履歴

登録	2021年9月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vcl.cif.gz	87.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vcl.ent.gz	65 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vcl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vcl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vcqC 6k01S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: histone H2A-H2B

B: Tegument protein BKRF4

29.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.474, 78.040, 105.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	histone H2A-H2B 分子量: 22162.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Tegument protein BKRF4 分子量: 7654.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス) 株: GD1 / 遺伝子: BKRF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3KSS1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium chloride; 0.1 M HEPES pH 7.5; 35% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 4730 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 61.08 Å² / R_merge(I) obs: 0.171 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.179 / Χ²: 0.994 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 54863

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.2-3.26	9.2	0.747	208	0.503	0.249	0.79	0.827	92
3.26-3.31	9.3	0.739	223	0.715	0.245	0.781	0.798	94.5
3.31-3.38	10	0.73	228	0.731	0.234	0.769	0.857	97.9
3.38-3.45	10	0.597	232	0.909	0.193	0.629	0.865	99.1
3.45-3.52	10.8	0.696	236	0.788	0.22	0.731	0.946	99.6
3.52-3.6	10.4	0.589	226	0.855	0.19	0.62	0.894	99.6
3.6-3.69	10.8	0.498	245	0.932	0.157	0.523	0.971	100
3.69-3.79	11.3	0.451	226	0.921	0.139	0.473	1.014	100
3.79-3.91	12.5	0.385	242	0.966	0.112	0.402	1.074	100
3.91-4.03	13.2	0.318	223	0.974	0.09	0.33	1.077	100
4.03-4.18	12.8	0.314	236	0.97	0.09	0.327	1.09	100
4.18-4.34	13.2	0.273	239	0.985	0.078	0.284	1.069	100
4.34-4.54	13	0.209	233	0.993	0.059	0.217	1.141	100
4.54-4.78	12.8	0.201	242	0.99	0.058	0.209	1.193	100
4.78-5.08	12.2	0.184	238	0.99	0.054	0.192	1.13	100
5.08-5.47	11.7	0.17	241	0.992	0.051	0.177	1.041	100
5.47-6.02	12.4	0.179	248	0.99	0.053	0.187	1.017	100
6.02-6.89	12.9	0.135	241	0.996	0.039	0.141	0.951	100
6.89-8.67	12.3	0.088	247	0.998	0.026	0.092	0.945	100
8.67-50	10.7	0.059	276	0.999	0.018	0.062	0.742	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.10-2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6K01

6k01

解像度: 3.2→24.853 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 26.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2775	386	9.61 %
R_work	0.2294	3629	-
obs	0.2339	4015	86.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.53 Å² / B_iso mean: 45.9416 Å² / B_iso min: 27.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.2→24.853 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1452	0	0	0	1452
残基数	-	-	-	-	185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1475
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.558	1987
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	225
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	254
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.367	906

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.2004-3.6623	0.3133	95	0.2713	859	63
3.6623-4.6093	0.295	144	0.2257	1334	97
4.6093-24.85	0.2506	147	0.2183	1436	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3908	0.165	0.5244	0.6861	-0.8443	3.6117	0.0448	-0.1441	0.1942	0.0982	-0.0424	-0.123	-0.3568	-0.2812	0.0886	0.3249	0.0372	-0.0099	0.3512	-0.0529	0.4719	30.8796	96.4238	16.7308
2	0.3467	-0.6236	-0.2997	1.136	0.3497	3.135	0.336	0.2474	-0.5019	0.0537	0.2063	0.1065	0.762	-0.4344	-0.5617	0.7445	-0.2754	-0.021	0.913	-0.2601	1.0858	21.6818	84.7404	33.6124

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 6 through 186)	A	6 - 186
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 81 through 88)	B	81 - 88

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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