PDB-7vce: Structural studies of human inositol monophosphatase-1 inhibition...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vce

タイトル

Structural studies of human inositol monophosphatase-1 inhibition by ebselen

要素

Inositol monophosphatase 1

キーワード

HYDROLASE / IMPase1 / Ebselen

機能・相同性

機能・相同性情報

D-galactose 1-phosphate phosphatase / inositol monophosphate phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / lithium ion binding / inositol biosynthetic process / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Abuhammad, A. / Laurieri, N. / Rice, A. / Lowe, E.D. / McDonough, M.A. / Singh, N. / Churchill, G.C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical analysis of human inositol monophosphatase-1 inhibition by ebselen.
著者: Abuhammad, A. / Laurieri, N. / Rice, A. / Lowe, E.D. / Singh, N. / Naser, S.M. / Ratrout, S.S. / Churchill, G.C.

履歴

登録	2021年9月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vce.cif.gz	192.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vce.ent.gz	151.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vce.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vce_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vce_full_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示
XML形式データ	7vce_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	7vce_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vce	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4as4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inositol monophosphatase 1

B: Inositol monophosphatase 1

59.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.290, 75.720, 57.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Inositol monophosphatase 1 / IMP 1 / IMPase 1 / D-galactose 1-phosphate phosphatase / Inositol-1(or 4)-monophosphatase 1 / ...IMP 1 / IMPase 1 / D-galactose 1-phosphate phosphatase / Inositol-1(or 4)-monophosphatase 1 / Lithium-sensitive myo-inositol monophosphatase A1 分子量: 29902.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IMPA1, IMPA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P29218, inositol-phosphate phosphatase, D-galactose 1-phosphate phosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Inositol monophosphatase 1 / IMP 1 / IMPase 1 / D-galactose 1-phosphate phosphatase / Inositol-1(or 4)-monophosphatase 1 / ...

分子量: 29902.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IMPA1, IMPA / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P29218, inositol-phosphate phosphatase, D-galactose 1-phosphate phosphatase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate and 20% (wt/vol) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→45.04 Å / Num. obs: 14825 / % possible obs: 98.75 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.57
反射シェル	解像度: 2.6→2.693 Å / Num. unique obs: 1390 / CC_1/2: 0.733

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4AS4

4as4

解像度: 2.6→45.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.742 / ESU R Free: 0.309
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2436	764	5.164 %
R_work	0.2006	17850	-
all	0.23	-	-
obs	-	14825	98.78 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.693 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.162 Å²	-0 Å²	-2.299 Å²
2-	-	0.626 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.312 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3707	0	0	128	3835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	3835
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.055	0.017	3715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.169	1.627	5210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.893	1.568	8453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.012	5	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.411	22.883	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.181	15	630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	0.034	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.867	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	841
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	798
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	3642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	2255
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.294	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.073	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.158	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.242	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.379	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.679	3.433	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.714	3.432	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.763	5.138	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.78	5.141	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.703	3.579	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.743	3.576	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.684	5.326	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.695	5.329	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.222	41.087	4244
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.168	41.103	4219

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.748	0.335	82	0.281	1261	X-RAY DIFFRACTION	98.1725
2.748-2.851	0.319	54	0.286	1242	X-RAY DIFFRACTION	99.3103
2.851-2.967	0.254	61	0.251	1210	X-RAY DIFFRACTION	99.2194
2.967-3.099	0.315	61	0.229	1135	X-RAY DIFFRACTION	99.0887
3.099-3.25	0.264	50	0.244	1122	X-RAY DIFFRACTION	99.4063
3.25-3.425	0.304	54	0.211	1041	X-RAY DIFFRACTION	99.7268
3.425-3.632	0.289	55	0.201	996	X-RAY DIFFRACTION	99.3384
3.632-3.882	0.214	51	0.19	914	X-RAY DIFFRACTION	99.7932
3.882-4.191	0.238	54	0.184	878	X-RAY DIFFRACTION	99.7859
4.191-4.588	0.178	53	0.167	791	X-RAY DIFFRACTION	99.6458
4.588-5.126	0.198	37	0.168	741	X-RAY DIFFRACTION	99.2347
5.126-5.911	0.289	37	0.216	643	X-RAY DIFFRACTION	99.7067
5.911-7.22	0.279	25	0.207	554	X-RAY DIFFRACTION	99.3139
7.22-10.131	0.193	30	0.163	420	X-RAY DIFFRACTION	99.5575
10.131-45.04	0.27	11	0.262	254	X-RAY DIFFRACTION	98.1481

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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