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- PDB-7v9e: Crystal structure of a methyl transferase ribozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v9e
タイトルCrystal structure of a methyl transferase ribozyme
要素RNA (68-MER)
キーワードRNA / methyl transferase / ribozyme / riboswitch
機能・相同性: / GUANINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Deng, J. / Lilley, D.M.J. / Huang, L.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, China) 英国
Cancer Research UKA18604 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structure and mechanism of a methyltransferase ribozyme.
著者: Deng, J. / Wilson, T.J. / Wang, J. / Peng, X. / Li, M. / Lin, X. / Liao, W. / Lilley, D.M.J. / Huang, L.
履歴
登録2021年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (68-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,31713
ポリマ－21,8841
非ポリマー1,43312
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area11850 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.381, 52.507, 99.939
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Space group name HallP2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: RNA鎖 RNA (68-MER)


分子量: 21884.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.08 M Potassium chloride, 0.02 M Barium chloride dihydrate, 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.8, 32% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50.38 Å / Num. obs: 21996 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 49.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.3→2.43 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / Num. unique obs: 1753 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.42 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
ADDREFデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→24.43 Å / SU ML: 0.3698 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.6724
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2706 1132 5.15 %
Rwork0.2437 20864 -
obs0.2452 21996 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1440 22 32 1494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00391621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71522522
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0316337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005968
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.638804
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.410.35391710.33012632X-RAY DIFFRACTION98.63
2.41-2.530.371150.32242687X-RAY DIFFRACTION99.05
2.53-2.690.41941320.33742680X-RAY DIFFRACTION98.84
2.69-2.90.37651440.33492622X-RAY DIFFRACTION97.77
2.9-3.190.27181260.27672591X-RAY DIFFRACTION96.35
3.19-3.650.26561330.21862641X-RAY DIFFRACTION96.59
3.65-4.590.19821680.1932536X-RAY DIFFRACTION95.31
4.6-24.430.2631430.21852475X-RAY DIFFRACTION92.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.40770296888-0.2423360091480.1568687914781.21524502899-0.5128776746352.95684087125-0.1874752769020.3853045302480.243357202488-0.121984808562-0.185428265694-0.270904441785-0.286533823080.3472724297720.3261666153360.355361159621-0.034657572586-0.03033494311520.3877750738910.0541108363370.41365000809733.49676855313.4771191574940.6796120763
26.06795888759-0.746152221689-3.214792320320.1167566533040.6813159880665.476661823240.1862602477341.054831291310.450429643348-0.747139424517-0.00569276443309-0.682126381349-0.4553824867080.383499371165-0.6357348730821.964279987370.08007967896151.556221587951.17881325212-0.3197932575951.9205531693745.0763331609-15.161590914520.7389759619
34.13710278708-0.365031900352-0.2145336487274.558957451860.9033815396343.80856955591-0.2849186552860.1623862343010.241175464091-0.3714720749220.0135438453763-0.462692110277-0.2245689557650.437370620390.1982490994530.3562716651060.01019969449450.02123067599720.477230119690.01523129004970.36691663786432.52889802473.3008978745435.9495192657
41.26155883180.198172348261-0.1027049800662.2389648755-0.9954395757421.04168390472-0.3094258111590.05532063610810.536561172680.201126300474-0.00432024177430.427907331679-0.216725216196-0.3646944335180.2910330662020.3902586448020.0948656952748-0.2140844740780.495359447542-0.01227463007880.59647231566715.763575108318.588418989339.0278653032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 21 )AA2 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 26 )AA22 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 41 )AA27 - 41
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 42 through 69 )AA42 - 69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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