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- PDB-7v9b: Crystal Structure of 14-3-3 epsilon with FOXO3a peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v9b
タイトルCrystal Structure of 14-3-3 epsilon with FOXO3a peptide
要素
  • ARG-ARG-ARG-ALA-VAL-SEP-MET-ASP-ASN-SER-ASN
  • YWHAE/FAM22B fusion protein
キーワードPROTEIN BINDING / FOXO3a / 14-3-3 / 14-3-3 epsilon
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nuclear Testis protein, N-terminal / NUT protein / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-323 / IMIDAZOLE / YWHAE/FAM22B fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Mathivanan, S. / Kamariah, N.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2022
タイトル: Structure of a 14-3-3 epsilon :FOXO3a pS253 Phosphopeptide Complex Reveals 14-3-3 Isoform-Specific Binding of Forkhead Box Class O Transcription Factor (FOXO) Phosphoproteins.
著者: Mathivanan, S. / Chunchagatta Lakshman, P.K. / Singh, M. / Giridharan, S. / Sathish, K. / Hurakadli, M.A. / Bharatham, K. / Kamariah, N.
履歴
登録2021年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YWHAE/FAM22B fusion protein
B: ARG-ARG-ARG-ALA-VAL-SEP-MET-ASP-ASN-SER-ASN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4567
ポリマ－29,6702
非ポリマー7865
水2,900161
1
A: YWHAE/FAM22B fusion protein
B: ARG-ARG-ARG-ALA-VAL-SEP-MET-ASP-ASN-SER-ASN
ヘテロ分子

A: YWHAE/FAM22B fusion protein
B: ARG-ARG-ARG-ALA-VAL-SEP-MET-ASP-ASN-SER-ASN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,91114
ポリマ－59,3394
非ポリマー1,57210
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_955-x+4,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)77.880, 81.040, 83.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-453-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 YWHAE/FAM22B fusion protein


分子量: 28281.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAE/FAM22B fusion / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G9K389
#2: タンパク質・ペプチド ARG-ARG-ARG-ALA-VAL-SEP-MET-ASP-ASN-SER-ASN


分子量: 1388.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TAMRA Labeled peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 166分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-323 / 2-[3,6-bis(dimethylamino)xanthen-9-yl]-5-methanoyl-benzoate / 5-Carboxy-N,N'-tetramethyl rhodamine


分子量: 414.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Imidazole pH 8.0, 10 % PEG 4000, 30 % MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→36.46 Å / Num. obs: 22570 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.131 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3185 / CC1/2: 0.773 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 0.815 / Rsym value: 0.743 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BR9

2br9


解像度: 1.85→36.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.787 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18879 1149 5.1 %RANDOM
Rwork0.16653 ---
obs0.16763 21400 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.092 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---2.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→36.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1957 0 25 161 2143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0132016
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.751.6452716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5411.5994407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3035239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.08722.035113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.62515373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5491517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1382.2956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1292.198955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9823.2811192
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9833.2831193
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6622.7161060
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6612.721061
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5413.8991524
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.01427.5222354
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.01327.5452355
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.854→1.902 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 84 -
Rwork0.257 1532 -
obs--97.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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